1.影响猪生长性状的主效SNP标记,其特征在于,所述SNP标记位于猪7号染色体上的高迁移率族蛋白A1(HMGA1)基因的核苷酸序列上,所述SNP标记的位点为SEQ ID NO:1序列标注位置为857的C857-G857的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第34983991个核苷酸位点C>G突变;或为SEQ ID NO:1序列标注位置为3651的T3651-G3651的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第
34986785个核苷酸位点T>G突变;或为SEQ ID NO:1序列标注位置为3676的C3676-T3676的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第34986810个核苷酸位点C>T突变;或为SEQ ID NO:1序列标注位置为3737的C3737-T3737的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第34986871个核苷酸位点C>T突变;或为SEQ ID NO:1序列标注位置为4803的G4803-A4803的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第34987937个核苷酸位点G>A突变;或为SEQ ID NO:1序列标注位置为5652的G5652-C5652的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第34988786个核苷酸位点G>C突变;或为SEQ ID NO:1序列标注位置为5784的C5784-A5784的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第34988918个核苷酸位点C>A突变;或为SEQ ID NO:1序列标注位置为6965-6966的TT6965_6966-TTdel6965_6966的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列
7号染色体上第34990100-34990101个核苷酸位点TT缺失突变;前述8个位点完全连锁。
2.如权利要求1所述的SNP标记在种猪生长性状遗传改良中的应用,且所述生长性状包括猪活体体长、活体体高、胴体长、胴体重、日增重、头重中的一种或多种。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述种猪选自中国地方猪及含有中国地方猪血统的合成系和配套系猪种。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述种猪选自二花脸猪、东山猪、民猪、河套大耳猪,通城猪、荣昌猪、内江猪、沙子岭猪、可乐猪、广东大花白猪、陆川猪、赣西两头乌猪、迪庆藏猪、巴马香猪、明光小耳猪、八眉猪、米林藏猪、五指山猪、滇南小耳猪、从江香猪、理塘藏猪、合作藏猪、工布江达藏猪、莱芜猪和苏太猪。
2
5.与权利要求1的HMGA1基因中SNP标记的连锁不平衡程度(r)大于0.8的SNP分子标记在种猪生长性状遗传改良中的应用。
6.一种种猪遗传改良的方法,其特征在于,种猪继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34983991位点的GG型个体,淘汰该位点的CC型个体和CG型个体;
和/或继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34986785位点的GG型个体,淘汰该位点的TT型个体和TG型个体;和/或继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34986810位点的TT型个体,淘汰该位点的CC型个体和CT型个体;
和/或继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34986871位点的TT型个体,淘汰该位点的CC型个体和CT型个体;和/或继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34987937位点的AA型个体,淘汰该位点的GG型个体和AG型个体;
和/或继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34988786位点的CC型个体,淘汰该位点的GG型个体和CG型个体;和/或继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34988918位点的AA型个体,淘汰该位点的CC型个体和AC型个体;
和/或继代选育国际猪基因组10.2版本参考序列猪7号染色体上g.34990100-34990101位点的del/del型个体,淘汰该位点的TT/del型个体和TT/TT型个体。
7.一种检测猪的生产性能的方法,包括检测序列表中SEQ ID NO:1的5’端第857位核苷酸为C还是G,或者检测检测序列表中SEQ ID NO:1的5’端第3651位核苷酸为T还是G,或者检测检测序列表中SEQ ID NO:1的5’端第3676位核苷酸为C还是T,或者检测检测序列表中SEQ ID NO:1的5’端第3737位核苷酸为C还是T,或者检测检测序列表中SEQ ID NO:1的5’端第4803位核苷酸为G还是A,或者检测检测序列表中SEQ ID NO:1的
5’端第5652位核苷酸为G还是C,或者检测检测序列表中SEQ ID NO:1的5’端第5784位核苷酸为C还是A,或者检测检测序列表中SEQ ID NO:1的5’端第6965-6966位核苷酸为TT还是del,确定基因型,然后通过基因型确定生产性状;且所述猪的生产性状为包括猪活体体长、活体体高、胴体长、胴体重、日增重、头重中的一种或多种的猪的生长性状。
8.一种位于猪7号染色体上的HMGA1基因的核苷酸序列,所述序列为SEQ ID NO:1的第857位核苷酸由C突变为G、3651位核苷酸由T突变为G、3676位核苷酸由C突变为T、
3737位核苷酸由C突变为T、4803位核苷酸由G突变为A、5652位核苷酸由G突变为C、5784位核苷酸由C突变为A、6965-6966位核苷酸TT缺失。
9.一种如权利要求8所述的核苷酸序列在与猪活体体长、活体体高、胴体长、胴体重、日增重和/或头重相关的种猪选育中的应用。
10.根据权利要求9所述的应用,其特征在于,所述种猪选自中国地方猪及含有中国地方猪血统的合成系和配套系猪种。