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专利号: 2014103541343
申请人: 浙江工业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 计算;推算;计数
更新日期:2023-12-11
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化方法,其特征在于:所述构象空间优化方法包括以下步骤:

1)初始化种群:从蛋白质片段库中随机选取片段产生包含popSize个个体的种群Pint,并设置算法参数:种群大小popSize,蛋白质序列长度Length,算法的迭代次数T,算法的交叉因子CR,蛋白质片段的长度L;

2)根据评分函数f计算每个种群的函数值大小,并进行排序,其中Pmax的函数值最优;

3)在未达到设定的终止条件时,进行以下操作

3.1)对种群Pint中每个个体Pi做以下操作:

3.1.1)设i=1,其中i∈{1,2,3,L,popSize};

3.1.2)其中Porigin=Pi,Porigin为初始种群,Pi为Pint中的每个个体;

3.1.3) 随 机 生 成 正 整 数 rand1,rand2,rand3;其 中rand1 ≠ rand2,且rand1,rand2∈{1,2,L,Length},rand3∈{1,2,3,......popSize};

3.1.4)针对个体Pj做变异操作,其中:

j∈{min(rand1,rand2),...,max(rand1,rand2)}a:令Porigin.phi(j)←Prand3.phi(j);

b:令Porigin.psi(j)←Prand3.psi(j);

c:令Porigin.omega(j)←Prand3.omega(j)其中phi,psi,omega分别表示构象的三个二面角Φ,Ψ,ω;

3.2)通过变异操作得到个体Snew;

3.3)根据 执行算法交叉过程,其中

k∈{0,0+L,0+2L,....Length},L为蛋白质片段的长度;

3.4)对所得到的Pnew执行选择操作,若f(Pnew)>f(Pmax),则Pnew替换Pmax,否则保持种群不变;

4)判断是算法迭代是否执行T次,如若未达到,则t←t+1,转至3)继续循环执行算法,至达到终止条件。

2.如权利要求1所述一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化方法,其特征在于:所述步骤3.1.3中,随机数rand1、rand2、rand3选取,其中rand1≠rand2,rand3≠i。

3.如权利要求1或2所述一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化方法,其特征在于:所述步骤3.1.4中,氨基酸j值大小在rand1和rand2之间。

4.如权利要求3所述一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化方法,其特征在于:所述步骤3.1.4中,变异操作将Porigin的氨基酸j所对应的二面角phi、psi、omega替换为Prand3的相同位置所对应的二面角。

5.如权利要求1或2所述一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化方法,其特征在于:所述步骤3.3中的交叉操作,若随机数rand(K)<=CR,个体Snew的片段K替换为个体Porigin中对应的第k个片段,否则直接继承个体Snew的第k个片段。