1.一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化方法,其特征在于:所述构象空间优化方法包括以下步骤:
1)初始化种群:从蛋白质片段库中随机选取片段产生包含popSize个个体的种群Pint,并设置算法参数:种群大小popSize,蛋白质序列长度Length,算法的迭代次数T,算法的交叉因子CR,蛋白质片段的长度L;
2)根据评分函数f计算每个种群的函数值大小,并进行排序,其中Pmax的函数值最优;
3)在未达到设定的终止条件时,进行以下操作
3.1)对种群Pint中每个个体Pi做以下操作:
3.1.1)设i=1,其中i∈{1,2,3,…,popSize};
3.1.2)其中Porigin=Pi,Porigin为初始种群,Pi为Pint中的每个个体;
3.1.3)随机生成正整数rand1,rand2,rand3;其中rand1≠rand2,且rand1,rand2∈{1,
2,…,Length},rand3∈{1,2,3,......popSize},随机数rand1、rand2、rand3选取,其中rand1≠rand2,rand3≠i;
3.1.4)针对个体Pj做变异操作,其中:
j∈{min(rand1,rand2),...,max(rand1,rand2)}a:令Porigin.phi(j)←Prand3.phi(j);
b:令Porigin.psi(j)←Prand3.psi(j);
c:令Porigin.omega(j)←Prand3.omega(j)其中phi,psi,omega分别表示构象的三个二面角Φ,Ψ,ω,氨基酸j值大小在rand1和rand2之间,变异操作将Porigin的氨基酸j所对应的二面角phi、psi、omega替换为Prand3的相同位置所对应的二面角;
3.2)通过变异操作得到个体Snew;
3.3)根据 执行算法交叉过程,其中k∈{0,0+L,0+2L,....Length},L为蛋白质片段的长度,若随机数rand(K)<=CR,个体Snew的片段K替换为个体Porigin中对应的第k个片段,否则直接继承个体Snew的第k个片段;
3.4)对所得到的Pnew执行选择操作,若f(Pnew)>f(Pmax),则Pnew替换Pmax,否则保持种群不变;
4)判断是算法迭代是否执行T次,如若未达到,则t←t+1,转至3)继续循环执行算法,至达到终止条件。