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专利号: 2015103102232
申请人: 浙江工业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 计算;推算;计数
更新日期:2023-12-11
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种局部增强的差分进化蛋白质构象空间搜索方法,其特征在于:所述构象空间搜索方法包括以下步骤:

1)给定输入序列信息;

2)设置系统参数:种群大小popSize,算法的迭代次数T,交叉因子CR,片段的长度L;

3)种群初始化:由输入序列产生popSize个种群个体Pinit;

4)开始迭代,执行种群更新过程,对初始种群中的每个个体:

4.1)设i=1,其中i∈{1,2,3,…,popSize};令Ptarget=Pi,其中i为序号,Ptarget表示目标个体;

4.2)随机生成正整数rand1,rand2,rand3,其中rand1∈{1,2,3,......popSize},rand1≠i,rand2≠rand3,∈{1,2,…,Length},Length为序列长度;

4.3)针对个体Pj做变异操作,其中:j=rand1;令a=min(rand2,rand3),b=max(rand2,rand3),k∈[a,b];

4.4)对蛋白质链中第a到b个氨基酸做如下操作:a:令Ptarget.phi(k)=Pj.phi(k);

b:令Ptarget.psi(k)=Pj.psi(k);

c:令Ptarget.omega(k)=Pj.omega(k);

步骤a,b,c分别为:将Ptarget的氨基酸k所对应的二面角phi、psi、omega替换为Pj的相同位置所对应的二面角phi、psi、omega;

4.5)通过变异得到测试个体Ptrial;

4.6)生成随机数rand4,rand5,其中rand4∈(0,1),rand5∈(1,Length);

4.7)根据 执行交叉过程:若随机数rand4<=CR,个体Ptrial的片段rand5替换为个体Ptarget中对应的片段,否则直接继承个体Ptrial;

4.8)根据Rosetta Score3计算Ptarget和Ptrial的能量:E(Ptarget)和E(Ptrial);

4.9)若E(Ptarget)>E(Ptrial)则用Ptrial替换Ptarget,否则保持种群不变;

5)得到更新种群Pupdate;

6)对更新种群中的每个个体Pi:

6.1)调用Monte Carlo方法对个体做局部增强;

6.2)计算增强过程中产生的构象的能量E(MC);

6.3)若E(Pi)>E(MC),则更新种群,否则保持种群不变;

7)得到局部增强后的种群Penhance;

8)迭代的运行步骤4)~7),至终止条件。