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专利号: 201610735964X
申请人: 浙江工业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2023-08-24
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种基于深度学习Residue2vec的蛋白质结构预测方法,其特征在于:所述优化方法包括以下步骤:

1)给定输入序列信息;

2)构建模板库中的残基向量:

2.1)从蛋白质数据库网站上下载分辨率小于 的高精度蛋白质,其中 为距离单位, 米;去除相似度大于预设阈值的冗余多肽链,得到非冗余蛋白质模板库;

2.2)通过滑动窗口将非冗余蛋白质模板分割为长度为n的残基;

2.3)通过CBOW模型结合Huffman编码,在神经网络中对残基模型进行建模,同时也获得残基在向量空间中的表示;

2.4)针对查询序列中每个位置上的残基,通过残基向量计算距离来判断残基间的相似性;

2.5)选取与查询序列每个残基位置上距离最近的前N个残基,构建了查询序列的片段库;

3)初始化:最大迭代次数iteration,能量函数选用Rosetta Score3,温度为T,玻尔兹曼常数为k;

4)开始迭代,设置i=1:

4.1)通过Rosetta Score3能量函数计算构象能量为E1,随机选取构象中某一位置上长度为n的残基,随机从片段库中选一个残基片段将其替换;

4.2)计算片段替换后的残基能量E2,比较E1和E2,若E2E1,则根据概率:P=e-△E/(kT)接收构象,其中e为自然常数,△E=E2-E1;

4.3)若构象在连续的预设次数迭代中均未改变时,则提高温度T来改变接收概率,当构象再次被接收时,温度恢复至初始值;

5)i=i+1,并判断i是否大于设定的最大迭代次数iteration,如果不满足则转至4.1);

如果满足,则输出结果。