1.玉米单株穗重主效QTL的定位方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:
(1)选择玉米自交系SG-3为母本,玉米自交系SG-5为父本配置杂交组合,构建F2群体;
(2)提取两亲本和F2群体的DNA,对F2群体DNA样本进行GBS测序分型,基于玉米亲本基因型检测结果,进行亲本间多态性标记开发;
(3)采用binmap的方式,对所有标记进行bin的划分,构建遗传图谱,并使用winQTLcart2.5软件复合区间作图法进行QTL分析,获得5个QTL位点:qEW-1、qEW-2、qEW-3、qEW-4和qEW-5,qEW-1定位在第4号染色体上,与分子标记mk1399和mk1419紧密连锁;分子标记mk1399的序列如SEQ ID NO.1所示,分子标记mk1419的序列如SEQ ID NO.2所示;
qEW-2定位在第4号染色体上,与分子标记mk1650和mk1660紧密连锁,分子标记mk1650的序列如SEQ ID NO.3所示,分子标记mk1660的序列如SEQ ID NO.4所示;
qEW-3定位在第7号染色体上,与分子标记mk2462和mk2467紧密连锁;分子标记mk2462的序列如SEQ ID NO.5所示,分子标记mk2467的序列如SEQ ID NO.6所示;
qEW-4定位在第7号染色体上,与分子标记mk2468和mk2473紧密连锁;分子标记mk2468的序列如SEQ ID NO.7所示,分子标记mk2473的序列如SEQ ID NO.8所示;
qEW-5定位在第7号染色体上,与分子标记mk2483和mk2484紧密连锁,分子标记mk2483的序列如SEQ ID NO.9所示,分子标记mk2484的序列如SEQ ID NO.10所示。
2.根据权利要求1所述的玉米单株穗重主效QTL的定位方法,其特征在于,步骤(1)中,构建包含199个单株的F2遗传群体。
3.根据权利要求1所述的玉米单株穗重主效QTL的定位方法,其特征在于,步骤(2)中,选用限制性内切酶MseI、HaeIII进行酶切,样本合格后建库,于HiSeq PE150测序平台上测序;原始测序数据经过质控后,与参考基因组进行比对,进行变异检测及筛选。
4.根据权利要求1所述的玉米单株穗重主效QTL的定位方法,其特征在于,步骤(2)中,过滤掉亲本信息缺失的位点;筛选父母本都为纯合且亲本间具有多态性的位点。
5.根据权利要求1所述的玉米单株穗重主效QTL的定位方法,其特征在于,步骤(3)中,采用binmap的方式,对所有标记进行bin的划分,窗口设置为15个,使用R/qtl进行遗传距离的计算,使用perl脚本进行画图。
6.根据权利要求1所述的玉米单株穗重主效QTL的定位方法,其特征在于,步骤(3)中,使用winQTLcart2.5软件复合区间作图法进行QTL分析,搜索步长设定为1cM。