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专利号: 2016112458378
申请人: 华南农业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2024-01-05
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一组能够提高林木遗传评估精确度的SSR标记,其特征在于,包括134对SSR标记,其上下游引物序列依次分别如SEQ ID NO.1~268所示。

2.权利要求1所述SSR标记在提高林木遗传评估精确度方面的应用。

3.一种利用SSR标记信息提高林木遗传评估精确度的方法,其特征在于,是采用SSR标记构建的G矩阵进行林木遗传评估,具体包括如下步骤:S1:测定若干个待检测无性系苗所有个体的地径,形成表型数据;

S2:提取所有无性系的DNA,用134对SSR标记进行扩增,将扩增结果记录为0/1的SSR标记数据;

S3:根据SSR标记数据,计算无性系间的遗传一致性;

S4:根据无性系间的遗传一致性系数,计算其逆矩阵,作为无性系的G矩阵;

S5:对表型数据进行分析,结合S4构建的G矩阵,估算环境误差和遗传方差,分析公式为:y=Xb+Zu+e

其中,y代表无性系个体地径的测量值,b代表固定效应值,u代表随机效应值,e代表残差效应,e包括测量误差;

S6:根据重复力公式计算求得重复力估计值,所述重复力公式为:rep=Vc/Vp

其中rep代表重复力,Vc为无性系遗传方差,Vp为表型方差。

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,步骤S5中,利用ASReml-R软件对试验数据进行分析,同时结合S4构建的G矩阵,从而估算遗传方差和环境误差。

5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,步骤S3中,利用NTsys软件对SSR标记数据进行分析,从而计算无性系间的遗传一致性。

6.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,步骤S1中,所述待检测无性系为桉树无性系。

7.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,步骤S2中,所述134对SSR 标记即为134对SSR引物,其上下游引物序列依次分别如SEQ ID NO.1~268所示。

8.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,包括如下步骤:S1:试验材料为桉树无性系5个月盆栽苗,参试无性系共11个,每个无性系10棵盆栽苗;

对全部盆栽苗进行地径的测量,获得每个个体地径的测量值;

S2:提取全部无性系的基因组DNA,通过134对SSR引物进行扩增,选择清晰、可重复的条带统计,数据录入方式:有条带记为1,无条带记为0,建立SSR标记数据矩阵;

S3:对SSR标记数据矩阵,通过NTsys 2.10e软件计算无性系间的遗传一致性系数矩阵;

S4:对遗传一致性系数矩阵,通过R-3.2.1软件计算无性系间的遗传一致性逆矩阵,作为无性系的G矩阵;

S5:利用ASReml-R软件精确估算遗传方差:y=Xb+Zu+e其中y代表无性系个体地径的测量值,b代表固定效应值,u代表随机效应值,e代表残差效应;

S6:再根据重复力公式计算求得重复力估计值:rep=Vc/Vp其中rep代表重复力,Vc为遗传方差,Vp为表型方差。