1.一种以24-脱氢胆固醇还原酶(DHCR24)为靶点进行降胆固醇药物的虚拟筛选方法,其特征在于:包括以下步骤:
1)确定DHCR24的分子结构;
2)对DHCR24进行前期处理和优化;
采用分子对接软件,依据链甾醇与DHCR24对接后的结合构象,确定药物小分子对接的活性中心,设定活性口袋;具体为:
3.1)将DHCR24与FAD进行对接;然后以此结构为基础,采用全局性搜索,对接链甾醇,根据autodock vina 打分结果,初步挑选打分高的结合构象;
3.2)以初步挑选的打分高的结合构象为基础,采用autodock4半柔性对接方式,对结合构象进行再次精确对接,对对接后产生的不同结合构象的成簇情况进行综合分析,选择能量最低簇并且结合构象最为集中,且形成一个氢键的第一个构象作为最佳结合构象及活性中心,从而确定药物小分子的活性口袋;所述活性口袋为:中心坐标为x=72.194、y=51.111、z=24.361,网格大小为8×10×18,步长设置为1;
4)整理对接用小分子配体数据库,并进行筛选,筛选项目为毒性筛选、类药性筛选;
5)根据设定的活性口袋,利用分子对接软件,将对接用小分子配体数据库中的小分子配体与活性口袋依次进行对接;
6)对初步对接筛选出的结果,进行精确对接,对药物小分子配体与活性口袋的相互作用方式,进行综合性评估,初步确定具有降胆固醇作用效果的药物。
2.根据权利要求1所述的一种以24-脱氢胆固醇还原酶(DHCR24)为靶点进行降胆固醇药物的虚拟筛选方法,其特征在于:所述的步骤1)确定DHCR24的分子结构,包括:利用同源建模方法构建DHCR24的三维结构模型,利用打分软件进行打分,确定打分较高的结构模型作为DHCR24蛋白的三维结构模型;或者直接从网上蛋白质数据库下载DHCR24蛋白的晶体结构数据。
3.根据权利要求1所述的一种以24-脱氢胆固醇还原酶(DHCR24)为靶点进行降胆固醇药物的虚拟筛选方法,其特征在于:所述的步骤2)对DHCR24进行前期处理和优化,包括:加非极性氢,去除水分子,加电荷。
4.根据权利要求1所述的一种以24-脱氢胆固醇还原酶(DHCR24)为靶点进行降胆固醇药物的虚拟筛选方法,其特征在于:步骤4)置于步骤1)至步骤5)任何一个步骤之前。
5.根据权利要求1所述的一种以24-脱氢胆固醇还原酶(DHCR24)为靶点进行降胆固醇药物的虚拟筛选方法,其特征在于:所述的小分子配体数据库包括药物小分子配体数据库、天然产物数据库或其它化学小分子配体数据库。