1.一种基于模板的多域蛋白结构组装方法，其特征在于：所述多域蛋白结构组装包括以下步骤：

1)输入各单域蛋白的三维结构和其对应的多域蛋白的序列信息；

2)设置最大迭代次数Imax，冲突距离阈值dclash，相互作用阈值dcontact，相互作用的原子数量常数n0；

3)针对PDB库中每一个多域蛋白执行如下操作，从而确定组装模板：

3.1)根据蛋白质结构比对工具TM-align找出第一个蛋白最佳比对位置，并记录其模板比对得分TM-score1；

3.2)从第一个域蛋白比对的最后一个的残基位置开始，利用TM-align找出第二个域蛋白的最佳比对位置，并及记录TM-score2；

3.3)重复步骤3.2)依次找到其它域蛋白的最佳比对位置，并记录TM-socre3，TM-socre4,…,TM-socreN，N为域蛋白的总数量；

3.4)计算该模板的得分 其中scorei表示第i个模板的得分，TM-scorei表示第i个域蛋白的比对得分，Li为第i个域蛋白的序列长度；

3.5)通过步骤3.1)-3.4)计算得到每一个模板的得分后，选取得分最高的蛋白作为模板；

4)通过如下方法将各域蛋白重叠到模板上，过程如下：

4.1)将查询蛋白的Cα原子与模板的Cα一一比对，然后根据Kabsch方法求得旋转矩阵和平移向量(t1,t2,t3)，ust,s＝1,2,3,t＝1,2,3表示旋转矩阵的第s行的第t个元素，ts表示第s个平移向量；

4.2)针对查询蛋白的每一个Cα原子 作旋转平移

其中， 表示第n个域蛋白的第m个Cα原子的第s维坐标；

5)固定第n个域蛋白的位置，根据如下公式将第n+1个域蛋白平移，使其连接点之间的均方根偏差RMSD为其中，ln为第n个域蛋白的长度， 为第n个域蛋白的最后一个Cα原子的第s维坐标，为第n+1个域蛋白的第一个Cα原子的第s维坐标，dn,n+1为第n个域蛋白的最后一个Cα原子和第n+1个域蛋白的第一个Cα原子之间的欧氏距离；

6)计算当前蛋白与模板之间的Cα原子的均方根偏差ERMSD；

7)计算第n个域蛋白的Cα原子和第n+1个域蛋白中Cα原子两两之间的欧氏距离，并统计距离小于dclash的数量nclash，并记录对应的距离 计算域之间的冲突得分

8)统计步骤7中距离小于dcontact的数量ncontact，并计算相互作用得分

9)计算当前蛋白的能量E＝w1ERMSD+w2Eclash+w3Econtact，其中，w1,w2,w3为各自的权重值；

10)通过以下操作迭代确定能量最低的组装结构，过程如下：

10.1)确定旋转轴： X3＝θ，其中，θ＝1-2rand[0,1]，φ＝2πrand[0,1]，rand[0,1]为0和1之间的随机小数；

10.2)随机生成旋转角γ＝2rand[0,1]-1和组装平移向量(T1,T2,T3)，其中Ts＝0.3(2rand[0,1]-1),s＝1,2,3；

10.3)确定组装旋转矩阵：

其中，α＝cosγ,β＝sinγ,Ust表示组装旋转矩阵的第s行的第t个元素，s＝1,2,3,t＝1,2,3；

10.4)对第n+1个域蛋白的每一个Cα原子作旋转和平移操作：其中， 表示第n+1个域蛋白的第一个Cα原子的第s维坐标，s＝1,2,3， 表示第n+1个域蛋白的第m个Cα原子的第s维坐标，s＝1,2,3；

10.5)根据步骤6)-9)计算当前组装结构的能量，如果能量减小，则接受当前组装结构；

11)重复步骤10)Imax次，则最后一次的结构为第n个域蛋白和第n+1个域蛋白的组装结构；

12)当第n+1个蛋白组装完成后，则固定前n+1个域蛋白的结构，根据步骤5)-11)组装第n+2个域蛋白，直到所有N个域蛋白组装完成后，输出最后的组装结构。