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专利号: 2017102885677
申请人: 江西农业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 生物化学;啤酒;烈性酒;果汁酒;醋;微生物学;酶学;突变或遗传工程
更新日期:2023-12-11
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种猪的SNP标记,所述SNP标记包括如下14种SNP标记中的至少一种,第一SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16806345位点的核苷酸Y1,对应于SEQ ID NO:1上的从5’端起的第346位点的核苷酸Y1,所述Y1选自G或A;

第二SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16940077位点的核苷酸Y2,对应于SEQ ID NO:2上的从5’端起的第578位点的核苷酸Y2,所述Y2选自C或T;

第三SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第17473931位点的核苷酸Y3,对应于SEQ ID NO:3上的从5’端起的第501位点的核苷酸Y3,所述Y3选自G或A;

第四SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第17013787位点的核苷酸Y4,对应于SEQ ID NO:4上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y4,所述Y4选自C或T;

第五SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第17096014位点的核苷酸Y5,对应于SEQ ID NO:5上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y5,所述Y5选自G或A;

第六SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第17007981位点的核苷酸Y6,对应于SEQ ID NO:6上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y6,所述Y6选自A或G;

第七SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16916995位点的核苷酸Y7,对应于SEQ ID NO:7上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y7,所述Y7选自C或T;

第八SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第17102194位点的核苷酸Y8,对应于SEQ ID NO:8上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y8,所述Y8选自C或T;

第九SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第17114026位点的核苷酸Y9,对应于SEQ ID NO:9上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y9,所述Y9选自G或A;

第十SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16682972位点的核苷酸Y10,对应于SEQ ID NO:10上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y10,所述Y10选自G或C;

第十一SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16765047位点的核苷酸Y11,对应于SEQ ID NO:11上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y11,所述Y11选自G或A;

第十二SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16788727位点的核苷酸Y12,对应于SEQ ID NO:12上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y12,所述Y12选自G或T;

第十三SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16767555位点的核苷酸Y13,对应于SEQ ID NO:13上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y13,所述Y13选自A或G;

第十四SNP标记:10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第17472686位

14 14 14

点的核苷酸Y ,对应于SEQ ID NO:14上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y ,所述Y 选自G或C。

2.根据权利要求1所述的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记选自第一SNP标记、第二SNP标记、第三SNP标记、第四SNP标记、第五SNP标记、第六SNP标记、第七SNP标记和第八SNP标记中的至少一种。

3.一种核酸序列,所述核酸序列为包含如权利要求1或2所述的SNP标记的核酸序列,所述核酸序列选自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少一种。

4.根据权利要求3所述的核酸序列,其特征在于,所述核酸序列选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14中的至少一种。

5.根据权利要求4所述的核酸序列,其特征在于,所述核酸序列选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8中的至少一种。

6.如权利要求1或2所述的SNP标记在测定和/或遗传改良猪的生长性状中的应用,所述生长性状包括猪胴体体长、猪胴体斜长、猪胴体重、猪胸背膘厚和猪颈椎总长中的至少一种。

7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述猪选自纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系、含有长白血统的配套系、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系、含有大白血统的配套系、含有大白血统的杂交猪中的至少一种;

优选所述猪选自纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪、杜洛克猪和大白猪的杂交猪,以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

8.一种猪的遗传改良的方法,所述方法包括:确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1或2所述的SNP标记,并根据所述SNP标记做出相应的选择:对于第一SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第16806345位点为AA和GA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第16806345位点为AA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GA和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;

对于第二SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第16940077位点为TT和CT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第16940077位点为TT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CT和CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;

在对于第三SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第17473931位点为AA和GA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第17473931位点为AA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GA和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;

对于第四SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第17013787位点为TT和CT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第17013787位点为TT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CT和CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;

对于第五SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第17096014位点为AA和GA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第17096014位点为AA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GA和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;

对于第六SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第17007981位点为GG和GA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为AA基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第17007981位点为GG基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GA和AA基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;

对于第七SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第16916995位点为TT和CT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第16916995位点为TT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CT和CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;

对于第八SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第17102194位点为TT和CT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第17102194位点为TT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CT和CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;

对于第九SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第17114026位点为AA和GA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第17114026位点为AA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GA和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;

对于第十SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第16682972位点为CC和GC基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第16682972位点为CC基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GC和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;

对于第十一SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第16765047位点为AA和GA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第16765047位点为AA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GA和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;

对于第十二SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第16788727位点为TT和GT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第16788727位点为TT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GT和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;

对于第十三SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第16767555位点为GG和GA基因型的种猪个体,淘汰在该位点为AA基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第16767555位点为GG基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GA和AA基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;

对于第十四SNP标记,在所述种猪核心群中选择在所述第17472686位点为CC和GC基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第17472686位点为CC基因型的种猪个体,淘汰在该位点为GC和GG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率。

9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,利用分析所述种猪的核酸序列来确定所述种猪的如权利要求1或2所述的SNP标记,其中所述核酸序列选自如权利要求3-5中任意一项所述的核酸序列。

10.一种确定猪的生长性状优劣的方法,所述方法包括:确定所述猪的如权利要求1或2所述的SNP标记,并根据所述SNP标记确定所述猪的生长性状:对于第一SNP标记,在所述第16806345位点为AA和GA基因型的猪的生长性状优于GG基因型的猪的生长性状;

对于第二SNP标记,在所述第16940077位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基因型的猪的生长性状;

在对于第三SNP标记,在所述第17473931位点为AA和GA基因型的猪的生长性状优于GG基因型的猪的生长性状;

对于第四SNP标记,在所述第17013787位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基因型的猪的生长性状;

对于第五SNP标记,在所述第17096014位点为AA和GA基因型的猪的生长性状优于GG基因型的猪的生长性状;

对于第六SNP标记,在所述第17007981位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA基因型的猪的生长性状;

对于第七SNP标记,在所述第16916995位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基因型的猪的生长性状;

对于第八SNP标记,在所述第17102194位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基因型的猪的生长性状;

对于第九SNP标记,在所述第17114026位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA基因型的猪的生长性状;

对于第十SNP标记,在所述第16682972位点为GG和GC基因型的猪的生长性状优于CC基因型的猪的生长性状;

对于第十一SNP标记,在所述第16765047位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA基因型的猪的生长性状;

对于第十二SNP标记,在所述第16788727位点为GG和GT基因型的猪的生长性状优于TT基因型的猪的生长性状;

对于第十三SNP标记,在所述第16767555位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA基因型的猪的生长性状;

对于第十四SNP标记,在所述第17472686位点为GG和GC基因型的猪的生长性状优于CC基因型的猪的生长性状;

所述生长性状包括猪胴体体长、猪胴体斜长、猪胴体重、猪胸背膘厚和猪颈椎总长中的至少一种,且长的猪胴体体长优于短的猪胴体体长,长的猪胴体斜长优于短的猪胴体斜长,重的猪胴体重优于轻的猪胴体重,薄的猪胸背膘厚优于厚的猪胸背膘厚,长的猪颈椎总长优于短的猪颈椎总长;

优选利用分析所述猪的核酸序列来确定所述猪的如权利要求1或2所述的SNP标记,其中所述核酸序列选自如权利要求3-5中任意一项所述的核酸序列。