1.一种多域蛋白模板无缝比对方法，其特征在于：所述模板无缝比对方法包括以下步骤：

1)参数初始化：设置相邻域之间的最大允许间隙Mgap，模板左边的最大允许空白Lgap，模板右边的最大允许空白Rgap；

2)输入查询蛋白的各单域三维结构以及需要比对的模板；

3)在模板左边加上长度为Lgap的空白序列，并在模板右边加上长度为Rgap的空白序列；

4)从模板的第一个空白位置开始，根据蛋白质模板比对工具TM-align搜索第一个单域的最佳比对位置，并记录最后一个序列的比对位置；

5)从第一个单域蛋白的最后一个比对位置后的第一个位置开始，根据TM-align搜索第二个单域的最佳比对位置，并记录最后一个序列的比对位置；

6)若第二个单域蛋白和第一个单域蛋白的比对部分之间的间隙大于Mgap，则继续步骤

7)；

7)无缝滑动比对，过程如下：

7.1)从第一个单域蛋白的最后一个比对位置后的第一个位置开始，将第二个单域蛋白比对到模板上，采用TM-align计算第二个单域蛋白和模板之间的比对得分；

7.2)将第二个单域蛋白向右滑动一个序列位置，并重新采用TM-align计算第二个单域蛋白和模板之间的比对得分；

7.3)继续滑动，直到第一个域和第二个域蛋白之间的间隙达到Mgap为止，每次滑动一个位置，并重新采用TM-align计算第二个单域蛋白和模板之间的比对得分；

7.4)取滑动过程中第二个单域蛋白和模板之间的得分最高的比对为第二个蛋白的最佳比对；

8)按照步骤4)-7)搜索其它单域蛋白的最佳比对位置，每次搜索一个单域蛋白，直到所有单域蛋白的最佳比对位置都搜索到为止；

9)以步骤8)中各单域蛋白的比对为当前查询蛋白和模板蛋白之间的最佳比对。