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专利号: 201710605462X
申请人: 浙江工业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2023-08-24
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种多域蛋白距离谱构建方法,其特征在于:所述距离谱构建方法包括以下步骤:

1)参数初始化:距离谱提取模板蛋白个数T,模板得分阈值S,模板比对百分比P;

2)输入多域蛋白的各单域的三维结构;

3)根据对蛋白库中的每一个多域蛋白模板进行打分,过程如下:

3.1)采用蛋白质模板比对工具TM-align依次计算每一个单域蛋白与模板之间的比对得分TM-score1,TM-score2,…,TM-scoreD,其中,D为多域蛋白中单域蛋白的个数;

3.2)计算该模板的比对总得分:

其中,TM-scorei为第i个单域蛋白与模板之间的比对得分,Li为第i个单域蛋白的序列长度;

4)选取模板比对总得分最高的前T个蛋白建立距离谱,过程如下:

4.1)判断模板的比对总得分是否大于S,且该模板与各单域蛋白的比对残基个数是否均大于P×Li,如果满足以上两个条件,则继续步骤4.2);

4.2)针对两个相邻的单域蛋白,如果其第m个残基和第n个残基在模板上有比对残基Am和An,则继续步骤4.3);

4.3)如果0.8×|m-n|<|Am-An|<1.2×|m-n|,且(m-n)(Am-An)>0,则计算比对残基对Am和An之间的欧氏距离dmn;

4.4)根据步骤4.1)-4.3)计算第m个残基和第n个残基每一个模板中的比对残基对之间的距离,并记为 等于步骤4.3)中的欧氏距离;

4.5)计算第m个残基和第n个残基的距离谱:

4.6)根据步骤4.4)-4.5)计算该相邻的单域蛋白中其它残基对之间的距离谱,则得到这两个单域蛋白之间的距离谱;

4.7)根据步骤4.1)-4.6)计算每两个相邻单域蛋白的距离谱,则得到整个多域蛋白的距离谱。