1.一种基于二面角熵值的蛋白质两阶段构象空间优化方法，其特征在于：所述蛋白质两阶段构象空间优化方法包括以下步骤：

1)输入预测蛋白质的序列信息和二级结构信息；

2)设置参数：种群规模NP，探索阶段最大迭代次数 增强阶段最大迭代次数 熵值收敛阈值α；

3)种群初始化：迭代Rosetta协议第一、二阶段，产生具有NP个个体的初始种群init

并令P＝{P1,P2,...,PNP}＝P ；

4)计算种群二面角熵值，过程如下：

4.1)以10°为基准，将二面角范围[‑180°,180°)划分成36个二面角区块；

4.2)统计种群中所有构象的每一个残基的二面角φ和ψ落在每一个块的概率 和其中i表示残基号，i∈{1,2,...,l}，l表示蛋白质序列长度，j表示二面角区块，j∈{1,

2,...,36}；得到每一个残基二面角的分布概率；

4.3)根据公式 和 求出每一个残基二面角φ和ψ的熵值；

4.4)根据公式 求出种群二面角熵值；

5)探索阶段，过程如下：

5.1)开始迭代，设g1＝1，其中迭代次数

5.2)对种群P中的每一个个体执行Rosetta协议第三阶段组装；

5.3)执行步骤4)，计算种群二面角熵值

5.4)若g1＞20，判断熵值是否收敛，过程如下：

5.4.1)根据公式 其中k∈{1,2,...,20}，计算当前代与其前20代的每一个熵值变化；

5.4.2)根据公式εmax＝max{ε1,ε2,...,ε20}计算最大熵值变化；

5.4.3)若εmax＜α，结束探索阶段，进入步骤6)增强阶段；否则，执行步骤5.5)；

5.5)g1＝g1+1；

5.6)若 转至步骤5.2)执行下一次迭代；否则，结束探索阶段，进入步骤6)增强阶段；

6)增强阶段，过程如下：

6.1)开始迭代，设g2＝1，其中迭代次数

6.2)对种群P中的每一个个体执行Rosetta协议第四阶段组装；

6.3)对种群P中的每一个个体进行局部扰动，过程如下：*

6.3.1)令P＝Pn，其中Pn表示种群P中的个体，n∈{1,2,...,NP}；

6.3.2)随机选择一个loop区域的残基位置r；

6.3.3)生成随机小数rand1，rand1∈[0,1]；

6.3.4)若rand1＜0.5，执行步骤6.3.5)；否则，执行步骤6.3.6)*

6.3.5)对构象P中的第r个残基的二面角φ进行局部扰动，过程如下：*

6.3.5.1)读取构象P中的第r个残基的二面角φ的值phi；

6.3.5.2)生成随机数rand2，rand2∈[‑5°,5°]；

6.3.5.3)phi＝phi+rand2；

*

6.3.5.4)将构象P中的第r个残基的二面角φ的值替换为phi；

*

6.3.6)对构象P中的第r个残基的二面角ψ进行局部扰动，过程如下：*

6.3.6.1)读取构象P中的第r个残基的二面角ψ的值psi；

6.3.6.2)生成随机数rand3，rand3∈[‑5°,5°]；

6.3.6.3)psi＝psi+rand3；

*

6.3.6.4)将构象P中的第r个残基的二面角ψ的值替换为psi；

*

6.3.7)若P中扰动的二面角与Pn中对应的二面角落在同一个二面角区块，执行步骤

6.3.8)；否则，执行步骤6.3.9)*

6.3.8)用Rosetta score3能量函数计算P和Pn的能量；根据Metropolis准则决定是否*

用P替换Pn，即决定是否接受对构象Pn的局部扰动；

6.3.9)根据二面角能量指导构象更新，过程如下：*

6.3.9.1)根据探索阶段最后一代的残基二面角分布概率，确定P中扰动的二面角及Pn*

中对应的二面角所在二面角区块的分布概率p和pn；

* *

6.3.9.2)根据公式e＝‑ln(p)和en＝‑ln(pn)计算二面角能量；

*

6.3.9.3)根据Metropolis准则决定是否用P 替换Pn，即决定是否接受对构象Pn的局部扰动；

6.4)g2＝g2+1；

6.5)若 跳转至步骤6.2)执行下一次迭代；否则，结束增强阶段

7)根据Rosetta协议输出预测结果。