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专利号: 2018104890373
申请人: 成都信息工程大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2024-01-05
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种预测DNA蛋白质结合位点的集成学习方法,其特征在于,其包括以下步骤:S1)获取DNA结合蛋白质位点的蛋白质序列数据;

S2)对DNA结合蛋白质位点的蛋白质序列数据预处理,包括使用PSI‑BLAST算法提取PSSM的特征;

S3)使用one‑hot编码方式构建输入数据;One‑hot编码方式是每个蛋白质序列用20维的特征表示,每个氨基酸占一位,表示1,其余各位为0;

S4)将S1和S2提取的特征合并,构建每个蛋白质序列上氨基酸的特征,将其作为输入数据;

S5)使用SMOTE算法对正样本数据进行过采样,过采样的数量为正样本的数量大小,所述正样本数据为DNA与蛋白质有结合的位点数据;

S6)根据正样本大小将负样本数据分成多份,然后每份负样本与正样本组合成一个新的数据子集,得到N个数据子集;

S7)每个数据子集使用卷积神经网络进行训练,所述卷积神经网络包括第一卷积层、第一池化层、第二卷积层、第二池化层和全连接层;

S8)对N个卷积神经网络的结果进行多数投票法集成,从而得到最终的预测结果。

2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤S5中,SMOTE算法是根据正样本中每个样本的K个最近邻数据来生成新的样本。