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专利号: 2018106317066
申请人: 浙江工业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2023-12-11
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种基于残基距离和接触信息的蛋白质结构预测方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

1)读取目标蛋白的氨基酸序列;

2)根据目标蛋白序列,分别利用RaptorX-Contact服务器和NeBcon服务器预测得到目标蛋白的残基-残基接触置信度,分别记为 和 其中,i≠j,i和j均属于{1,2,3,

4…,rsd}, 表示RaptorX-Contact服务器得到的第i个残基和第j个残基接触的置信度,表示NeBcon服务器得到的第i个残基和第j个残基接触的置信度,rsd为氨基酸序列长度;

3)根据目标蛋白序列,利用QUARK服务器预测得到蛋白质的距离谱;

4)设置参数:种群大小NP=100,算法的迭代次数G=100,能量权衡因子α=0.5,置迭代次数g=0;

5)种群初始化:利用Rosetta第一阶段的片段组装方法生成NP个初始构象Ck,k={1,

2,…,NP};

6)把初始种群中的每个构象个体Ck,k={1,2,…,NP}看做目标构象个体 对每个目标构象个体执行Rosetta第二阶段的片段组装操作生成新构象

7)对每个目标构象个体 和新构象 进行选择操作,过程如下:

7.1)用Rosetta score1能量函数分别计算 和 的能量: 和

7.2)分别计算目标构象 和新构象 中有距离谱的残基对的距离能量Ek(i,j):其中,i和j是距离谱中有统计距离谱对的残基号,Dk(i,j)为构象k中残基i和j的之间的Cα原子距离,dp(i,j)是距离谱中残基i和残基j的距离;

7.3)根据公式(2)分别计算构象 和 的距离总能量其中, 表示第k个构象的距离总能量,dpn为具有距离谱的残基对的数量,其中,Ek(n)为根据公式(1)计算得到构象k的第n个具有距离普的残基对的距离能量;

7.4)分别根据公式(3)和(4)计算构象 和 的总能量 和

7.5)如果 大于 则 替换 否则 不变;

7.6)执行步骤7.1)~7.5)直至对种群中的每一个个体都完成一次选择,进入步骤8);

8)执行步骤6)~7),其中score1函数换成Rosetta第三阶段的score2函数;

9)执行步骤6)~7),其中score1函数换成Rosetta第四阶段的score3函数;

10)g=g+1,迭代运行步骤9),至g>G为止;

11)输出结果。