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专利号: 2018107305865
申请人: 长沙学院
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2024-01-05
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种基于二分网络的疾病关联LncRNA的预测方法,其特征在于,包括以下步骤:根据已知的LncRNA与疾病之间关联关系的数据集构建基于疾病和LncRNA的二分网络;

基于所述二分网络的拓扑信息计算基于共同邻居的疾病相似性I和LncRNA相似性I;

基于所述二分网络的拓扑信息计算基于SimRank相似度的疾病相似性II和LncRNA相似性II;

结合疾病相似性I和疾病相似性II得到经扩展的疾病相似性;结合LncRNA相似性I和LncRNA相似性II得到经扩展的LncRNA相似性;

将经扩展的疾病相似性和经扩展的LncRNA相似性回流到二分网络,计算疾病与LncRNA之间的关联程度。

2.根据权利要求1所述的基于二分网络的疾病关联LncRNA的预测方法,其特征在于,所述已知的LncRNA与疾病之间关联关系的数据集,是将从LncRNADisease数据库中下载的已知的LncRNA与疾病之间关联关系的数据集经除重后得到。

3.根据权利要求1所述的基于二分网络的疾病关联LncRNA的预测方法,其特征在于,计算疾病与LncRNA之间的关联程度时,加入权重参数计算调节利用疾病的相似性与利用LncRNA的相似性所占的比重。

4.根据权利要求1所述的基于二分网络的疾病关联LncRNA的预测方法,其特征在于,经扩展的疾病相似性通过将疾病相似性I和疾病相似性II相乘得到;经扩展的LncRNA相似性通过LncRNA相似性I和LncRNA相似性II相乘得到。

5.一种基于二分网络的疾病关联LncRNA的预测装置,其特征在于,包括:二分网络构建单元,根据已知的LncRNA与疾病之间关联关系的数据集构建基于疾病和LncRNA的二分网络;

第一计算单元,用于基于所述二分网络的拓扑信息计算基于共同邻居的疾病相似性I和LncRNA相似性I;

第二计算单元,用于基于所述二分网络的拓扑信息计算基于SimRank相似度的疾病相似性II和LncRNA相似性II;

综合运算单元,用于结合疾病相似性I和疾病相似性II得到经扩展的疾病相似性;结合LncRNA相似性I和LncRNA相似性II得到经扩展的LncRNA相似性;

回流单元,用于将经扩展的疾病相似性和经扩展的LncRNA相似性回流到二分网络,计算疾病与LncRNA之间的关联程度。

6.一种基于二分网络的疾病关联LncRNA的预测系统,包括存储器、处理器以及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序,其特征在于,所述处理器执行所述计算机程序时实现上述权利要求1至4任一所述方法的步骤。

7.一种计算机存储介质,其上存储有计算机程序,其特征在于,所述程序被处理器执行时实现上述权利要求1至4任一所述方法中的步骤。