欢迎来到知嘟嘟! 联系电话:13095918853 卖家免费入驻,海量在线求购! 卖家免费入驻,海量在线求购!
知嘟嘟
我要发布
联系电话:13095918853
知嘟嘟经纪人
收藏
专利号: 2018109945033
申请人: 浙江工业大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
更新日期:2023-12-11
缴费截止日期: 暂无
价格&联系人
年费信息
委托购买

摘要:

权利要求书:

1.一种基于动态抽象凸下界估计的群体蛋白质结构预测方法,其特征在于:所述方法包括以下步骤:

1)输入待测蛋白质的序列信息,并从ROBETTA服务器上得到片段库;

2)参数设置:设置种群规模NP,交叉概率CR,片段长度l,温度因子KT,斜率控制因子M,初始片段组装次数N,最大迭代次数Gmax,并初始化迭代次数g=0;

3)根据输入序列生成二面角φ、ψ、ω分别为‑150°、‑150°、180°的直链,以此直链为起点启动NP条蒙特卡洛轨迹,每条轨迹随机片段组装N次生成一个构象个体,从而生成初始构象种群P={C1,C2,...,CNP},其中,Ci,i={1,2,…,NP}为种群P中的第i个构象个体;

4)根据Rosetta socre3能量函数计算当前种群中每个构象的能量值;

5)根据当前种群中每个构象Ci,i∈{1,2,…,NP}的碳α原子坐标表示其空间位置坐标并计算每个构象Ci的抽象凸下界估计支撑向量li:其中,E(Ci)为构象Ci的能量, 为构象Ci位置坐标的第t维元素,为构象Ci的空间位置坐标的松弛变量;

6)对种群中的每个构象Ci,i∈{1,2,...,NP}执行如下操作:

6.1)将构象Ci看作目标构象,并将整个种群随机分成两个大小相等的子种群;

6.2)分别选出这两个子种群中能量最低的构象,分别记作 和 如果 或与构象Ci相等,则以对应的子种群中能量次低的构象代替;

6.3)从目标构象Ci所属的子种群中随机选取一个与Ci、 和 均不相同的构象Ca;

6.4)分别从 和Ca中随机选择一个残基位不同的长度为l的片段替换构象Ci中对应位置的片段,生成变异构象Cmutant;

6.5)随机生成一个0和1之间的小数R,如果R

6.6)计算测试构象Ctrial的能量下界估计值

6.7)如果 则目标构象Ci保持不变,其中E(Ci)为目标构象的能量值;

6.8)如果 则根据Rosetta score3能量函数计算测试构象Ctrial的能量值E(Ctrial);如果E(Ctrial)

6.9)如果Ctrial成功替换Ci,则根据如下公式计算构象Ctrial的抽象凸下界估计支撑向量ltrial,并用ltrial替换Ci的支持向量li;

其中,E(Ctrial)为构象Ctrial的能量, 为构象Ctrial空间位置坐标的第t维元素, 为Ctrial空间坐标的松弛变量;

7)g=g+1,如果g>Gmax,则输出能量最低的构象作为最终预测结构,否则返回步骤6)。