1.一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法，其特征在于，所述对齐方法包括以下步骤：

1)输入待对齐的两个蛋白质绑定口袋结构信息，分别记作A和B；

2)分别抽取两个蛋白质绑定口袋中所有残基的中心碳原子Cα的坐标信息，记为与 其中 与 分别表示A与B中的第i个与第j个残基的Cα的坐标信息，N与M分别是A与B的残基数目；

A A

3)对P中的每个元素 计算它与P中其它元素的欧氏距离，并将这些距离值按照从小到大排序，选择最小的K个值作为元素 的特征向量，记作其中K≤N且K≤M；

B B

4)对P中的每个元素 计算它与P中其它元素的欧氏距离，并将这些距离值按照从小到大排序，选择最小的K个值作为元素 的特征向量，记作其中K≤N且K≤M；

5)计算蛋白质绑定口袋A与B的初始化的打分矩阵，记作Minit：其中， 表示 中的第k个元素， 表示 中的第k个元素，Minit(i,j)表示矩阵Minit中的第i行第j列中的值；

6)使用贪心算法在初始化打分矩阵Minit上搜索一个初始化的残基对齐信息，记作Aliinit，其中打分矩阵Minit中的任意一行或一列至多只能有一个元素被贪心算法选中，且贪心算法每次都会选择Minit中可选元素中的最大值，若Minit中第i行第j列元素被选中，则表明在Aliinit中A的第i个残基与B的第j个残基是对齐的；

7)根据Aliinit信息，使用Kabsch算法计算A与B已对齐残基的Cα坐标之间的旋转平移矩阵，并使用该旋转平移矩阵叠加A与B的结构，使得A与B重叠，再通过下式计算得到一个新的打分矩阵，记作Mnew：

其中， 表示A中第i个残基的Cα原子与B中第j个残基的Cα原子经过旋转平移后的欧氏距离，Mnew(i,j)表示矩阵Mnew中的第i行第j列中的值；

8)使用贪心算法在新的打分矩阵Mnew上搜索一个新的残基对齐信息，记作Alinew，如果Alinew与Aliinit一致，将Alinew作为最终的对齐信息Alifinal，否则使用Alinew更新Aliinit，然后返回步骤7)。

2.如权利要求1所述的一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法，其特征在于，所述步骤8)中，将Alinew作为最终的对齐信息Alifinal，根据Alifinal，计算蛋白质绑定口袋A和B的结构相似性，记作Sim：

其中，(i,j)表示A的第i个残基与B的第j个残基在Alifinal中是对齐的， 表示A中第i个残基的Cα原子与B中第j个残基的Cα原子经过与Alifinal对应的旋转平移后的欧氏距离，为尺度函数，a、b、c均为参数。