1.一种检测猪病毒性繁殖障碍症候群病原核酸的MLPA检测试剂盒,其特征在于,该试剂盒中包括:
(1)反转录和预扩增混合液:
该混合液包含反转录和预扩增引物,其序列如SEQ ID NO:1~12所示,分别用于反转录和预扩增;其中,反转录引物为12碱基随机引物;
(2)多重连接探针混合液:
该混合液包括探针和通用引物;其中,探针的序列如SEQ ID NO:13~24所示,通用引物的序列如SEQ ID NO:25~26所示;
(3)MLPA缓冲液;
(4)连接缓冲液A和B;其中,连接缓冲液A包括Coenzyme NAD;连接缓冲液B包括Tris‑HCl、MgCl2、non‑ionic detergent;
(5)连接酶Ligase‑65;
(6)PCR反应混合液,其包括序列SEQ ID N O:25~26所示的通用引物;
(7) SALSA聚合酶;
(8) 阴性对照;
(9) 阳性对照,包含猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪日本乙型脑炎病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒的阳性对照质粒;
所述序列SEQ ID NO:1‑2是猪繁殖与呼吸综合征病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:3‑4是猪日本乙型脑炎病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:5‑6是猪瘟病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:7‑8是猪圆环病毒2型预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:9‑10是猪伪狂犬病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:11‑12是猪细小病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:13‑14为检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:15‑16分别为检测猪日本乙型脑炎病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:17‑18分别为检测猪瘟病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:19‑20分别为检测猪圆环病毒2型的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:21‑22分别为检测猪伪狂犬病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:23‑24分别为检测猪细小病毒的左侧探针和右侧探针;其中,所述SEQ ID NO:14、16、18、20、22、24的5’端进行磷酸化处理;所述序列SEQ ID NO:25、26分别是通用PCR扩增的正向和反向引物。
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,试剂盒中的阳性对照来自病毒核酸RNA经反转录后,其特异基因片段与质粒连接所得的重组质粒混合物;其中特异基因分别为猪繁殖与呼吸综合征病毒的M基因、猪日本乙型脑炎病毒的E基因、猪瘟病毒的E2基因、猪圆环病毒2型的ORF2基因、猪伪狂犬病毒的gE基因和猪细小病毒的VP2基因。
3.利用权利要求1所述试剂盒实现同时检测6种猪病毒性繁殖障碍症候群病原核酸的非诊断目的MLPA检测的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)磁珠法提取样品DNA、RNA;
使用磁珠DNA、RNA共提取试剂盒和全自动核酸提取仪,同时提取样品中的DNA和RNA,得到200 µL样品;
(2) RNA反转录成cDNA及预扩增进行一步法反转录RT‑PCR反应;
配制25 μL反应体系:10 μL OneStep Ahead RT‑PCR Master Mix,1 μL OneStep Ahead RT‑Mix,5 μL DNA或RNA,1 μL随机反转录引物和5 μL预扩增引物混合液;终浓度为每条引物0.5 μM,3 μL H2O补足;
反应条件:50℃ 10 min,95℃ 5 min;95℃ 15 s,55℃ 20 s,72℃ 20 s,40个循环;72℃ 2 min;
(3) MLPA扩增和检测
a)DNA变性
取0.2 mL PCR反应管,每管加入0.5 μL DNA溶液和4.5 μL TE,98℃变性5 min,降至室温25℃;
b)探针与样本DNA的杂交
配制3 μL混匀的探针混合液:1.5 μL MLPA缓冲液 + 1.5 μL探针混合液;
将探针混合物加入上述PCR反应管中,95℃温育1 min,60℃杂交1‑16 h,54℃温育;
c)杂交探针的连接
配制32 μL连接酶混合物:25 μL dH2O + 3 μL 连接缓冲液A + 3 μL 连接缓冲液B + 1 μL连接酶Ligase‑65;
PCR仪温度降至54℃,打开管盖,加入32 μL连接酶混合物,54℃温育15 min,98℃加热5 min灭活连接酶,20℃温育;
d)连接探针的PCR扩增
配制10 μL PCR混合液:7.5 μL dH2O + 2 μL PCR反应混合液 + 0.5 μL SALSA聚合酶;
取出PCR管,室温下加入10 μL PCR混合物;开始PCR反应,反应条件为:95℃ 30 s,60℃
30 s,72℃ 60 s,35个循环;72℃孵育20 min,降至15℃;
e)全自动核酸分析仪分析:
PCR扩增产物取20μL,用全自动核酸分析仪进行分析;
(4)结果描述及判定
a) 质控标准:
阳性对照在94 bp、100 bp、106 bp、116 bp、122 bp、127 bp处有特异性扩增条带;
阴性对照无特异性扩增条带;
如阴性对照和阳性条件不满足以上条件,此次试验视为无效;
b) 结果判断:
阳性:在94 bp有特异性扩增条带,表示样本中存在猪繁殖与呼吸综合征病毒的核酸、在100 bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪日本乙型脑炎病毒的核酸;在106bp 处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪瘟病毒的核酸;在116 bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪圆环病毒2型的核酸;在122 bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪伪狂犬病毒的核酸;在127 bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪细小病毒的核酸;同时对MLPA扩增产物进行测序,进一步确认;
阴性:无特异性扩增条带,表明样品中无猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪日本乙型脑炎病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒。