1.一种检测猪病毒性腹泻症候群病原核酸的MLPA检测试剂盒,其特征在于,该试剂盒中包括:(1)反转录和预扩增混合液:
该混合液包含反转录和预扩增引物,其序列如SEQ ID NO:1~12所示,分别用于反转录和预扩增;其中,反转录引物为12碱基随机引物;
(2)多重连接探针混合液:
该混合液包括探针和通用引物;其中,探针的序列如SEQ ID NO:13~24所示,通用引物的序列如SEQ ID NO:25~26所示;
(3)MLPA缓冲液;
(4)连接缓冲液A和B;
(5)连接酶Ligase-65;
(6)PCR反应混合液,其包括序列表SEQ ID NO:25~26所示的通用引物;
(7)SALSA聚合酶;
(8)阴性对照;
(9)阳性对照,包含猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪delta冠状病毒、猪博卡病毒和猪诺如病毒阳性对照质粒。
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述序列SEQ ID NO:1-2是猪博卡病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:3-4是猪诺如病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:5-6是猪delta冠状病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:7-8分别是猪流行性腹泻病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:9-10是猪轮状病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:11-12是猪传染性胃肠炎病毒预扩增引物;所述序列SEQ ID NO:13-14为检测猪博卡病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:15-16分别为检测猪诺如病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:17-18分别为检测猪delta冠状病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:19-20分别为检测猪流行性腹泻病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:21-22分别为检测猪轮状病毒的左侧探针和右侧探针;所述序列SEQ ID NO:23-24分别为检测猪传染性胃肠炎病毒的左侧探针和右侧探针;其中,所述SEQ ID NO:14、16、18、20、
22、24的5’端进行磷酸化处理;所述序列SEQ ID NO:25、26分别是通用PCR扩增的正向和反向引物。
3.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,试剂盒中的阳性对照来自病毒核酸RNA经反转录后,其特异基因片段与质粒连接所得的重组质粒混合物;其中特异基因分别为猪流行性腹泻病毒的S基因、猪传染性胃肠炎病毒的N基因、猪轮状病毒的NSP1基因、猪delta冠状病毒的N基因、猪博卡病毒的NS1基因和猪诺如病毒的RdRp基因。
4.利用权利要求1所述试剂盒同时检测6种猪病毒性腹泻症候群病原核酸的MLPA扩增检测试方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)磁珠法提取样品DNA/RNA;
使用磁珠DNA/RNA共提取试剂盒和全自动核酸提取仪,同时提取样品中的DNA和RNA,得到200μL样品;
(2)RNA反转录成cDNA及预扩增
进行一步法反转录RT-PCR反应;
配制25μL反应体系:10μL OneStep Ahead RT-PCR Master Mix,1μL OneStep Ahead RT-Mix,5μL DNA或RNA,1μL随机反转录引物和5μL预扩增引物混合液(终浓度为每条引物
0.5μM),3μL H2O补足;
反应条件:50℃10min,95℃5min;95℃15s,55℃20s,72℃20s,40个循环;72℃2min;
(3)MLPA扩增和检测
a)DNA变性
取0.2mL PCR反应管,每管加入0.5μL DNA溶液和4.5μL TE,98℃变性5min,降至室温25℃;
b)探针与样本DNA的杂交
配制3μL混匀的探针混合液:1.5μL MLPA缓冲液+1.5μL探针混合液;
将探针混合物加入上述PCR管中,95℃温育1min,60℃杂交1-16h,54℃温育;
c)杂交探针的连接
配制32μL连接酶混合物:25μL dH2O+3μL连接缓冲液A+3μL连接缓冲液B+1μL连接酶Ligase-65;
PCR仪温度降至54℃,打开管盖,加入32μL连接酶混合物,54℃温育15min,98℃加热
5min灭活连接酶,20℃温育;
d)连接探针的PCR扩增
配制10μL PCR混合液:7.5μL dH2O+2μL PCR反应混合液+0.5μL SALSA聚合酶;
取出PCR管,室温下加入10μL PCR混合物;开始PCR反应,反应条件为:95℃30s,60℃
30s,72℃60s,35个循环;72℃孵育20min,降至15℃;
e)全自动核酸分析仪分析:
PCR扩增产物取20μL,用全自动核酸分析仪进行分析;
(4)结果描述及判定
a)质控标准:
阳性对照在102bp、110bp、117bp、124bp、131bp、138bp处有特异性扩增条带;
阴性对照无特异性扩增条带;
如阴性对照和阳性条件不满足以上条件,此次试验视为无效;
b)结果判断:
阳性:在102bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪博卡病毒;在110bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪诺如病毒;在117bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪delta冠状病毒;在124bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪流行性腹泻病毒;在
131bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪轮状病毒;在138bp处有特异性扩增条带,表示样本中存在猪传染性胃肠炎病毒;同时可对MLPA扩增产物进行测序,进一步确认;
阴性:无特异性扩增条带,表明样品中无猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪delta冠状病毒、猪博卡病毒、猪诺如病毒。