1.一种基于接触图的蛋白质结构比对方法，其特征在于，所述比对方法包括以下步骤：

1)输入两个待比对的蛋白质三维结构信息，分别记作Pa与Pb；

2)对于来自同一个蛋白质的任意两个氨基酸残基Ri与Rj，根据它们的β碳原子Cβ的三维坐标信息Di与Dj，当氨基酸残基中没有Cβ时，将中心碳原子Cα的坐标信息看作Cβ的坐标信息，计算它们的接触状态mi,j：若Di与Dj之间的距离小于等于8埃，则表示Ri与Rj接触，记mi,j＝1；

否则，表示Ri与Rj不接触，记mi,j＝0；

3)根据步骤2)，计算Pa中所有氨基酸残基两两之间的接触状态，组成接触图Ma：其中，Na表示Pa中氨基酸残基的数目， 表示Pa中的第i和第j个氨基酸残基的接触状态；

4)根据步骤2)，计算Pb中所有氨基酸残基两两之间的接触状态，组成接触图Mb：其中，Nb表示Pb中氨基酸残基的数目， 表示Pb中的第i和第j个氨基酸残基的接触状态；

5)对于Pa中的任意一个氨基酸残基 在Ma中取以 为中心、尺寸为K×K的窗口，该窗口内的元素组成的矩阵记作 窗口中落在Ma外的元素设置为0，用来表示 周边信息；其中，1≤K≤Na且1≤K≤Nb；

6)对于Pb中的任意一个氨基酸残基 在Mb中取以 为中心、尺寸为K×K的窗口，该窗口内的元素组成的矩阵记作 窗口中落在Mb外的元素设置为0，用来表示 周边信息；

7)根据 与 计算分别来自Pa与Pb的氨基酸残基 与 的相似性si,j：

8)计算所有的si,j，组成相似性矩阵

9)根据相似性矩阵S，使用动态规划算法计算得到Pa与Pb比对信息Ali(Pa,Pb)；

10)根据比对信息Ali(Pa,Pb)，使用TM-score工具计算Pa与Pb的结构相似性得分，并返回Pa与Pb在三维空间上的比对信息。