1.一种基于域间残基接触的多域蛋白结构组装方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

1)给定待组装蛋白各结构域的三维结构以及全长序列信息；

2)参数设置：设置最大迭代次数Imax，冲突距离阈值dclash，组装模板数量T，温度长度K，接触能量深度dwell；

3)利用结构比对工具TM-align对蛋白质PDB库中的每一个多域蛋白进行打分，每个模板的得分为每个结构域与模板之间TM-score的平均值，并选择得分最高的T个模板；

4)利用残基接触预测工具NeBcon预测得到全长序列的残基接触图；

5)从残基接触图中读取各结构域之间的残基接触的置信度 j＝1,

2,...,Nn，其中Nm和Nn分别表示第m个结构域和第n个结构域的序列长度， 表示第m个结构域的第i个残基与第n个结构域的第j个残基之间有接触的置信度；

6)根据每个所选模板进行组装，过程如下：

6.1)利用TM-align确定模板和各结构域之间的比对信息，并将各结构域重叠到模板上，得到初始结构；

6.2)对各结构域进行平移，使得其C-端的最后一个残基与下一个结构域N-端的第一个残基之间的Cα原子距离等于

6.3)计算当前结构的域间接触能量：

其中 为第m个结构域的第i个残基与第n个结构域的第j个残基之间的Cα原子距离，d1＝8，d2＝d1+dwell，da＝(d1+d2)/2，db＝dwell,dc＝(d2+

80)/2,dd＝80-d2；计算域间接触总能量

6.4)计算当前结构与6.1)中初始结构之间的Cα原子的均方根偏差ERMSD；

6.5)计算当前结构中每两个结构域之间Cα原子的两两距离，统计距离小于dclash的数量nclash，并记录对应的距离 计算域之间的冲突能量

6.6)计算当前结构的总能量E＝w1ERMSD+w2Eclash+w3Econtact，其中，w1＝0.35,w2＝0.9,w3＝

0.15为各自的权重值；

6.7)随机选择一个域结构进行扰动，过程如下：

6.7.1)分别计算所选结构域的N-端第一个原子之前和之后的残基数量；

6.7.2)选择残基数量较少的部分作为扰动区域，将该区域的所有Cα原子坐标记为(x1,x2,...,xL)，其中xl,l＝1,2,...,L表示第l个需要扰动的残基的Cα原子坐标，L为需要扰动的残基数量；

6.7.3)生成旋转轴X＝(X1,X2,X3)， X3＝θ，其中，θ＝1-2rand[0,1]， φ＝2πrand[0,1]，rand[0,1]为0和1之间的随机小数；

6.7.4)生成旋转角γ＝2rand[0,1]-1；

6.7.5)生成平移向量T＝(T1,T2,T3)，其中Ts＝0.3(2rand[0,1]-1),s＝1,2,3；

6.7.6)生成旋转矩阵U：

其中，α＝cosγ,β＝sinγ；

6.7.7)对每个Cα原子xl,l＝1,2,...,L进行旋转和平移：其中， 表示第l个需要旋转的Cα原子的第s维坐标；

6.8)根据步骤6.3)-6.6)计算当前结构的能量，并根据蒙特卡洛准则接受当前结构；

6.9)重复步骤6.7-6.8)Imax次，并选择能量最低的结构为当前模板组装得到的结构；

7)选择T个模板组装得到的结构中能量最低的结构作为最终结构。