1.基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)基因组DNA提取;
2)利用MseI和NlaIII酶切组合对基因组DNA进行双酶切;
3)连接反应;
4)PCR扩增;
5)回收序列片段和高通量测序;
6)数据分析筛选和挖掘基因位点;
所述MseI和NlaIII用3-甲氧基-4-羟基肉桂酸和山梨糖醇进行修饰。
2.根据权利要求1所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述1)步骤中基因组DNA提取的材料来源为褐菖鲉的肌肉组织。
3.根据权利要求1所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述2)步骤中基因组DNA双酶切的酶切体系为:1-2μL的MseI,1-2μL的NlaIII,1-
2μL的50-100ng/μL的DNA,2.5-5μL的10хCut SmartTMbuffer,14-44.5μL ddH2O。
4.根据权利要求3所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述酶切体系的反应条件为:36.5-37.5℃水浴1.8-2.2h,冷却至7-8℃保存。
5.根据权利要求1所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述4)步骤中PCR扩增反应体系为:4-6μL连接产物、10-15μL 10mM dNTP、0.5-
0.75μL DNA聚合酶、2-3μL 10μM引物P1、2-3μL 10μM引物P2和1.5-2.25μL ddH2O。
6.根据权利要求5所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述PCR扩增体系中添加有维生素C。
7.根据权利要求1或5或6所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述4)步骤中PCR扩增反应条件为:97-98℃下2-3min,接下来15-18个循环的97-98℃30-45s,65-67℃28-32s和70-72℃28-32s,然后70-72℃4-6min。
8.根据利要求1所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述5)步骤中序列片段利用凝胶电泳进行回收。
9.根据权利要求7所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述凝胶电泳回收的片段大小在100-350bp。
10.根据权利要求1所述的基于简化基因组测序技术的褐菖鲉基因筛选和挖掘方法,其特征在于:所述6)步骤中高通量测序为双端测序。