1.一种基于双层偏置搜索的蛋白质结构预测方法，其特征在于：所述方法包括以下步骤：

1)输入目标蛋白质的序列信息；

2)根据目标蛋白质序列从ROBETTA服务器上获取3片段和9片段的片段库文件；

3)设置参数：种群规模NP，最大迭代次数G，能量区间划分个数M，温度因子β；

4)种群初始化：利用Rosetta协议第一阶段产生种群规模为NP的种群C＝{C1,C2,...,CNP}，其中Ci，i＝1,2,...,NP为第i个个体；

5)设置g＝1，g∈{1,2,...,G}；

6)设置n＝1，n∈{1,2,...,NP}；

7)记Ci′为种群中第i′个个体，i′∈{1,2,...,NP+n‑1}，并进行如下操作：

7.1)用Rosetta score3能量函数计算种群中每个个体的能量，个体Ci′的能量为score3(Ci′)；

7.2)记Emin和Emax分别为种群中的最低能量和最高能量，设置能量区间[Emin,Emax]，将能量区间等分成M个能量子区间，每个能量子区间长度为ΔE， 第m个能量子区间表示为[Emin+(m‑1)ΔE,Emin+mΔE]，m∈{1,2,...,M}，记Ωm为第m个能量子区间对应的构象集合，并设置

7.3)将种群中的每个个体按能量值分配到相应的子区间内，若score3(Ci′)∈[Emin+(m‑

1)ΔE,Emin+mΔE]，则Ωm＝Ωm∪{Ci′}；

8)父代选择操作，过程如下：

8.1)记Cm,j为第m个能量子区间中的第j个个体，j∈{1,2,...,|Ωm|}，按如下公式计算每个能量子区间中的构象平均能量

8.2)按如下公式计算每个能量子区间的选择概率，ε是一个常数：

8.3)按公式(2)计算的概率选择一个能量子区间；

8.4)在选择的子区间内，将每个构象的质心原子、离ctd最近的原子、离ctd最远的原子、离fct最远的原子的坐标分别表示为表示ctd指向cst的三维空间向量，表示ctd指向fct的三维空间向量，表示ctd指向ftf的三维空间向量，按如下公式计算选择的子区间内每个构象的结构差异性，并记Cm,max为具有最大结构差异性数值Dm,max的构象：

8.5)按如下公式计算子区间内每个个体的选择概率，ε是一个常数：selected

8.6)按公式(4)计算的概率选择一个个体，记作C ；

9)变异操作，过程如下：

selected

9.1)在最大差异性构象Cm,max中随机选取一个3片段，替换到选择个体C 的对应位new

置上，生成新的构象C ；

new new′

9.2)利用Rosetta对新构象C 进行一次片段组装，生成构象C ；

new′ new new′

9.3)若score3(C )＜score3(C )，则C＝C∪{C }；否则计算接收概率并生成均匀随机小数rand，rand∈[0,1]，若new′ new

rand＜Paccept，则C＝C∪{C }；否则C＝C∪{C }；

9.4)设置n＝n+1；

10)若n＞NP，则继续步骤11)；否则转至步骤7)；

11)淘汰个体选择操作，过程如下：

11.1)执行步骤7)；

11.2)执行步骤8.1)；

11.3)按如下公式计算每个能量子区间的选择概率，ε是一个常数：

11.4)按公式(5)计算的概率选择一个能量子区间；

11.5)执行步骤8.4)；

11.6)按如下公式计算子区间内每个个体的选择概率，ε是一个常数：

11.7)按公式(6)计算的概率选择一个个体，将其从种群中剔除；

11.8)设置n＝n‑1；

12)若n＝1，设置g＝g+1；否则转至步骤11)；

13)若g＞G，输出最后一代种群C，并选择能量最低的构象作为预测结果；否则转至步骤

6)。