1.一种基于距离和角度信息的蛋白质ATP对接方法，其特征在于：所述对接方法包括以下步骤：

1)输入蛋白质和ATP的结构信息，分别记为D和A；

2)对于输入的蛋白质结构信息D，使用ATPbind服务器预测出蛋白质所有的ATP绑定残基，分别记为r1,r2,...,rn，其中n为预测出的ATP绑定残基个数；

3)根据r1,r2,...,rn的中心碳原子Cα坐标信息，取所有Cα坐标值的平均值，聚类出一个中心点CD；根据A中各原子坐标信息，取所有原子坐标值的平均值，聚类出一个中心点CA；移动ATP结构使得CA和CD的坐标重合；

4)对于PDB数据库中每个与蛋白质结合的ATP分子A(j)，其中j＝1,2,...,N，N为PDB数据库中ATP的数目，定义与蛋白质绑定残基的Cα原子距离最近的ATP原子为绑定原子其中n为该ATP的绑定原子与蛋白质的绑定残基组成绑定对的个数，若距离最近的ATP原子已与之前的残基绑定过，则与次近的ATP原子进行绑定；

5)计算每一个绑定对的ATP原子与蛋白质绑定残基的Cα原子的距离 其中T为 原子的类型，Y是与 绑定的蛋白质残基的类型，计算 与Y和Y′类型绑定残基的Cα原子的夹角∠YTY′j,k，其中，Y′是除与 绑定残基外的蛋白质绑定残基类型，k＝1,2,...,n-1；

6)计算T类型的 原子与Y类型的蛋白质绑定残基间相互作用的平均距离，记作D(T,Y)：计算T类型的 原子与Y类型和Y′类型的蛋白质绑定残基形成的夹角的平均值，记作∠YTY′：

7)根据步骤5)中所有绑定对的蛋白质残基和 的原子类型，将A和D分成M种绑定对组合方式，对每一种组合进行如下计算；

8)参数设置：设置种群规模NP，缩放因子F，交叉概率CR，最大迭代次数Gmax，初始化迭代次数g＝0；

9)种群初始化：随机生成初始种群P＝{S1,S2,...,Si,...,SNP}，Si＝(si,1,si,2,si,3,si,4,si,5,si,6)为种群P的第i个个体，其中si,1、si,2和si,3的取值范围是 si,4、si,5与si,6的取值范围为0到2π；

10)对于种群中的每个个体Si，根据如下方式将蛋白质与ATP对接，并计算该个体的得分score(Si)：

10.1)根据Si中的后三个元素si,4、si,5、si,6，计算三维空间旋转矩阵R：

10.2)将A中所有原子根据旋转矩阵R进行坐标旋转得到Ar；

10.3)根据Si中的前三个元素si,1、si,2、si,3，将Ar中的所有原子进行坐标平移得到Ap，过程如下：其中 分别是Ar中原子的X,Y,Z坐标，f＝1,2,...,m，m是ATP中的原子个数；

10.4)根据步骤6)，计算得分score(Si)：

其中 是ATP中T类型原子与Y类型蛋白质绑定残基Cα原子的距离，∠YTY′h是ATP中T类型原子与其绑定的Y类型蛋白质绑定残基以及非绑定的Y'类型蛋白质绑定残基的Cα原子所形成夹角的角度；

11)根据差分进化算法，对种群P中的每个个体Si,i∈{1,2,…,NP}作如下处理：

11.1)从当前种群P中随机选择三个不同的个体Sa、Sb与Sc，其中a≠b≠c≠i，根据如下等式生成一个突变个体Smutant：Smutant＝Sa+F·(Sb-Sc)

11.2)根据如下过程生成交叉个体Scross：

其中scross,j、smutant,j和si,j分别是Scross、Smutant和Si中的元素，j＝1,2,...,6，jrand为1到6之间的随机整数，rand(0,1)为0到1之间的随机小数；

11.3)根据步骤10)，分别计算Scross与Si对应的得分score(Scross)与score(Si)；

11.4)如果score(Scross)＜score(Si)，则使用Scross替换种群P中的Si，否则Si保留在种群P中；

t

12)g＝g+1；如果g＞Gmax，则记录当前种群P中最低的得分score(Si) 和对应的ATP结构信息Atp，t＝1,2,...,M；否则返回步骤12)；

13)迭代步骤8)至步骤12)，直到M种组合计算完成；从A1p,A2p,...,AMp中找出得分最低的结构信息作为最终的ATP结构信息输出。