1.基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:包括如下步骤:
提取褐菖鲉基因组DNA;
将所述基因组DNA酶切,酶切液中加入Adapter接头进行接头连接;
将所述接头连接获得的不同样品DNA片段混合,进行PCR扩增,然后将产物进行测序;
将测序得到的原始数据分选聚类,按样品个体进行数据质控并删除Adapter接头序列,将序列比对到参考基因组上,提取SNP位点,筛选用于群体遗传结构分析的SNP位点。
2.根据权利要求1所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述提取褐菖鲉基因组DNA的具体步骤为:用生理盐水或者磷酸盐缓冲液清洗褐菖鲉肌肉组织样本,得待裂解样本;
用含NaOH、Na2EDTA、二硫苏糖醇和N-月桂酰肌氨酸钠的裂解液裂解所述待裂解样本,得DNA粗产物;以及先用含有磷酸盐缓冲液和乙酸钾的洗涤液I处理所述DNA粗产物,再用含有乙酸钠和巯基乙酸钠的洗涤液II继续处理,得纯化后的DNA。
3.根据权利要求2所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述裂解液NaOH的终浓度为0.3-0.4M,Na2EDTA的终浓度为5-8M,二硫苏糖醇的终浓度为0.01-
0.05mM,N-月桂酰肌氨酸钠的终浓度为0.4-0.6M。
4.根据权利要求2所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述洗涤液I中磷酸盐缓冲液的终浓度为0.05-0.15M,乙酸钾的终浓度为0.01-0.04M。
5.根据权利要求2所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述洗涤液II中乙酸钠的终浓度1.0-2.0M,巯基乙酸钠的终浓度0.3-0.5mM。
6.根据权利要求1所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述酶切用酶为限制性内切酶EcoRI/PstI。
7.根据权利要求1所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述Adapter接头用序列为:EcoRI Adaptor-1:5’-GTACTACCGTACTCGGC-3’;EcoRI Adaptor-2:
5’-GTATATGACCGTACG-3’;PstI Adaptor-1:5’-GCAAGTGGCTTCAAGTG,PstI Adaptor-2:5’-CAGTGATACATCGTC-3’。
8.根据权利要求7所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述Adapter接头按照如下方法配置:EcoRI-Adaptor含有:EcoRI-Adaptor-1 10μL,EcoRI-Adaptor-2 10μL,H2O 80μL;PstI-Adaptor含有:PstI-Adaptor-1 30μL,PstI-Adaptor-2
30μL,H2O 40μL。
9.根据权利要求1所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述PCR扩增用引物序列为:primer-F:5’-GAGTGATTGCTACACAG-3’;primer-R:5’-GTATGACGCCATACTCA-3’。
10.根据权利要求1所述的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法,其特征在于:所述PCR扩增程序为:95℃变性3min;95℃10s,55℃40s,72℃40s,30个循环;72℃延伸5min,4℃保存。