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专利号: 2020103262092
申请人: 嘉兴市第一医院
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 生物化学;啤酒;烈性酒;果汁酒;醋;微生物学;酶学;突变或遗传工程
更新日期:2025-04-10
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种肿瘤筛查试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒包括用于检测甲基化位点的引物或引物对,且所述的甲基化位点包括一个或多个选自下组的位点:位于DBC1基因上的甲基化位点cg03625109;

位于DBC1基因上的甲基化位点cg24818566;

位于C9orf125基因上的甲基化位点cg13683194;和位于PDGFRB基因上的甲基化位点cgd16429070。

2.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述的甲基化位点还包括选自下组的一个或多个位点:位于RARB基因上的甲基化位点cg07996594;

位于ESR1基因上的甲基化位点cg21646032;

位于RUNX3基因上的甲基化位点cg07671949;

位于PCDHGB7基因上的甲基化位点cg21185686;

位于TIMP3基因上的甲基化位点cg23601468;和位于APC基因上的甲基化位点cg01240931。

3.一种乳腺癌甲基化生物标志物筛选方法,其特征在于,包括以下步骤:

1)从TCGA数据库获取实体瘤患者的的全基因组甲基化测序数据;

2)根据获取的甲基化数据采用ANOVA进行位点注释及差异化分析;

3)根据乳腺癌甲基化差异表达分析的结果进行ANOVA方差分析,筛选出乳腺癌差异性表达的甲基化位点;

4)通过T检验,比较乳腺癌甲基化差异表达位点和其他31种实体瘤的甲基化位点,从而得到有效区分乳腺癌和其他实体瘤癌种的甲基化生物标记物。

4.如权利要求3所述的方法,其特征在于,所述的方法还包括步骤:

5)在临床实体瘤患者样本中,采用焦磷酸测序验证所述步骤4)中得到的甲基化位点的表达情况。

5.如权利要求3所述的方法,其特征在于:所述的步骤1)包括:从TCGA数据库获取多种实体瘤的Illumina人类全基因组甲基化450k芯片数据及表型数据,其中芯片上各探针甲基化水平用β值表示,范围从0至1,分别代表未甲基化和完全甲基化。

6.如权利要求3所述的方法,其特征在于,所述的步骤3)包括:

3.1)选取p≤0.05的探针cg ID进行候选乳腺癌甲基化基因的注释;

3.2)选取对应基因上的探针cg ID,并根据P值从小到大排列,选取前100个探针cg ID作为候选的乳腺癌甲基化位点;

较佳地,所述的步骤3)还包括:

3.3)进一步用其他实体瘤癌种对应的100个探针cg ID的甲基化数据进行T检验,根据T检验p值≤0.05且满足至多3个癌种无法显著区分的原则,筛选出乳腺癌特异性表达的甲基化位点。

7.如权利要求4所述的方法,其特征在于,所述的步骤5)包括:

5.1)临床选取多种实体瘤手术肿瘤样本;

5.2)对肿瘤FFPE样本的基因组DNA进行提取,得到样本DNA;

5.3)对所述的样本DNA进行甲基化处理,然后对甲基化位点进行PCR扩增;

5.4)对所述的甲基化位点进行测序。

8.如权利要求7所述的方法,其特征在于,所述的实体瘤手术肿瘤样本包括选自下组的样本:Luminal A分型乳腺癌样本、Luminal B分型乳腺癌样本、HER2分型乳腺癌样本、Basal-like分型乳腺癌样本、肺癌样本、胃癌样本,和结直肠癌样本。

9.如权利要求3所述的方法,其特征在于,所述的步骤4)包括:采用焦磷酸测序法对所述步骤3)中筛选出的特异性表达甲基化位点进行测序,然后进行T检验,从而得到能够显著区分乳腺癌与其他癌种的甲基化位点。

10.一种乳腺癌甲基化生物标志物筛选系统,其特征在于,所述的系统包括:i)获取模块,用于从TCGA数据库获取实体瘤患者的的全基因组甲基化测序数据;

ii)位点注释及差异化分析模块,用于对获取的甲基化数据采用ANOCA进行位点注释及差异化分析;

iii)乳腺癌差异表达甲基化位点筛选模块,用于根据乳腺癌基因甲基化位点的差异表达分析的结果进行ANOVA方差分析分析,筛选出乳腺癌差异化表达的甲基化位点。