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专利号: 2020106671838
申请人: 浙江农林大学
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 生物化学;啤酒;烈性酒;果汁酒;醋;微生物学;酶学;突变或遗传工程
更新日期:2024-01-05
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种利用EST‑SSR标记鉴定换锦花和中国石蒜杂交种的方法,其特征在于,包括以下步骤:

(1) 提取待测样品基因组的DNA;

(2) 以步骤(1)提取的DNA为模板,基于换锦花转录组序列的EST‑SSR核心引物组进行PCR扩增,得到不同长度的扩展产物;所述EST‑SSR核心引物组包括下述3对引物中的至少2对,每对引物由上游引物和下游引物组成,每对引物的核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6,其中编号为奇数的核苷酸序列为上游引物,编号为偶数的核苷酸序列为下游引物;(3) 对步骤(2)所得不同长度的扩增产物进行测序分型。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)所述的EST‑SSR核心引物组包括权利要求1所述的3对引物。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,步骤(1)所述的基于换锦花转录组序列的EST‑SSR核心引物组由以下方法筛选得到:基于换锦花转录组的序列,筛选EST序列,搜索EST序列中的SSR位点,针对SSR位点设计、合成目标引物,对所合成的目标引物进行PCR扩增、再对扩增产物通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分析,筛选得到权利要求1所述的换锦花EST‑SSR分子标记的引物组。

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述SSR位点的搜索限制条件为单核苷酸最少重复次数为10次,2 3核苷酸最少重复次数为6次,4 6核苷酸最少重复次数为5次。

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5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述PCR扩增的最佳体系反应体系10.0 μl‑1 ‑1 ‑1为:Taq 1.0 U,MgCl2 1.0 mmol·L ,dNTPs 0.2 mmol·L ,引物0.8 μmol·L ,DNA 40 ng。

6.一种基于换锦花转录组序列的EST‑SSR核心引物组,其特征在于,所述核心引物组包括下述3对引物中的至少2对,每对引物由上游引物和下游引物组成,每对引物的核苷酸 序列分别为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6,其中编号为奇数的核苷酸序列为上游引物,编号为偶数的核苷酸序列为下游引物。

7.根据权利要求6所述的EST‑SSR核心引物组,其特征在于,所述的EST‑SSR核心引物组包括权利要求6所述的3对引物。

8.EST‑SSR标记在换锦花和中国石蒜杂交种鉴定中的应用,其特征在于,所述EST‑SSR标记为基于换锦花转录组序列的EST‑SSR核心引物组中的至少2对,每对引物由上游引物和下游引物组成,每对引物的核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6,其中编号为奇数的核苷酸序列为上游引物,编号为偶数的核苷酸序列为下游引物。