1.一种猪的SNP标记,所述SNP标记包括如下SNP标记中的至少一种:
(I)核酸I上的SNP标记,位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55495763位点,为G或A;
(II)核酸II上的SNP标记,位于SEQ ID No.2上的从5’端起的第331位,对应于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55500274位点,为C或CT;
(III)核酸III上的SNP标记,位于SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第54924843位点,为T或C;
(IV)核酸IV上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55496302位点,为C或T;
(V)核酸V上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第
55494763位点,为G或A;
(VI)核酸VI上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493440位点,为A或G;
(VII)核酸VII上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493401位点,为G或GGGACC;
(VIII)核酸VIII上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55369371位点,为A或T;
(IX)核酸IX上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55494697位点,为C或T;
(X)核酸X上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第
55495244位点,为T或C;
(XI)核酸XI上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493385位点,为AG或A;
(XII)核酸XII上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493473位点,为T或C;
(XIII)核酸XIII上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493963位点,为A或G;
(XIV)核酸XIV上的SNP标记,位于11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55377798位点,为C或A。
2.根据权利要求1所述的SNP标记,其特征在于,所述核酸I、核酸II和核酸III独立地选自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少一种。
3.根据权利要求1或2所述的SNP标记,其特征在于,所述核酸I至核酸XIV独立地具有
5bp至26560bp的长度;
优选所述核酸I至核酸XIV独立地具有5bp至10000bp的长度;
优选所述核酸I至核酸XIV独立地具有5bp至5928bp的长度;
优选所述核酸I至核酸XIV独立地具有5bp至1000bp的长度;
优选所述核酸I至核酸XIV独立地具有5bp至500bp的长度;
优选所述核酸I至核酸XIV独立地具有5bp至300bp的长度。
4.根据权利要求1或2所述的SNP标记,其特征在于,所述核酸I的序列如SEQ ID No.1所示,所述核酸II的序列如SEQ ID No.2所示,核酸III的序列如SEQ ID No.3所示。
5.如权利要求1至4中任意一项所述的SNP标记在确定猪或猪肉中鸟嘌呤含量高低中的应用。
6.一种猪的遗传改良的方法,所述方法包括:确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1至4中任意一项所述的SNP标记,并根据所述SNP标记做出相应的选择:对于(I),在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点为G/A和A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点为A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/A和G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;
对于(II),在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第331位点为C/CT和CT/CT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因CT的频率;优选在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第331位点为CT/CT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/CT和C/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因CT的频率;
对于(III),在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为T/C和C/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;优选在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为C/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/C和T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;
对于(IV),在所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55496302位点为C/T和T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55496302位点为T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/T和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;
对于(V),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从
5’端起的第55494763位点为G/A和A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55494763位点为A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/A和G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;
对于(VI),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从
5’端起的第55493440位点为A/G和G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493440位点为G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/G和A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;
对于(VII),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493401位点为G/GGGACC和GGGACC/GGGACC基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因GGGACC的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493401位点为GGGACC/GGGACC基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/GGGACC和G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因GGGACC的频率;
对于(VIII),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55369371位点为A/T和T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55369371位点为T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/T和A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;
对于(IX),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从
5’端起的第55494697位点为C/T和T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55494697位点为T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/T和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;
对于(X),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从
5’端起的第55495244位点为T/C和C/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55495244位点为C/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/C和T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;
对于(XI),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从
5’端起的第55493385位点为AG/A和A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为AG/AG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493385位点为A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为AG/A和AG/AG基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;
对于(XII),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493473位点为T/C和C/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493473位点为C/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/C和T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因C的频率;
对于(XIII),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493963位点为A/G和G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493963位点为G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/G和A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;
对于(XIV),所述种猪核心群中选择在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55377798位点为C/A和A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55377798位点为A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/A和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如权利要求1至4中任意一项所述的SNP标记,其中所述核酸的序列选自核酸I、核酸II和核酸III中的至少一种。
8.一种确定猪肉质性状优劣的方法,所述方法包括:确定所述猪的如权利要求1至4中任意一项所述的SNP标记,并根据所述SNP标记确定所述猪肉质性状:对于(I),所述猪肉质性状从优到劣,以所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:A/A基因型、G/A基因型和G/G基因型;
对于(II),所述猪肉质性状从优到劣,以所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第331位点的基因型排序依次为:CT/CT基因型、C/CT基因型和C/C基因型;
对于(III),所述猪肉质性状从优到劣,以所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:C/C基因型、T/C基因型和T/T基因型;
对于(IV),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55496302位点的基因型排序依次为:T/T基因型、C/T基因型和C/C基因型;
对于(V),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55494763位点的基因型排序依次为:A/A基因型、G/A基因型和G/G基因型;
对于(VI),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493440位点的基因型排序依次为:G/G基因型、A/G基因型和A/A基因型;
对于(VII),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493401位点的基因型排序依次为:GGGACC/GGGACC基因型、G/GGGACC基因型和G/G基因型;
对于(VIII),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55369371位点的基因型排序依次为:T/T基因型、A/T基因型和A/A基因型;
对于(IX),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55494697位点的基因型排序依次为:T/T基因型、C/T基因型和C/C基因型;
对于(X),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55495244位点的基因型排序依次为:C/C基因型、T/C基因型和T/T基因型;
对于(XI),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493385位点的基因型排序依次为:A/A基因型、AG/A基因型和AG/AG基因型;
对于(XII),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493473位点的基因型排序依次为:C/C基因型、T/C基因型和T/T基因型;
对于(XIII),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55493963位点的基因型排序依次为:G/G基因型、A/G基因型和A/A基因型;
对于(XIV),所述猪肉质性状从优到劣,以所述11.1版本国际猪基因组的12号染色体上的从5’端起的第55377798位点的基因型排序依次为:A/A基因型、C/A基因型和C/C基因型。
9.一种改善猪肉品质的猪新品系和/或猪新品种建立的方法,其包括如下步骤:对于如权利要求1至4中任意一项所述SNP标记的基因型为(I)G/A或G/G的猪,通过定点突变将其中的G/A或G/G突变为A/A基因型;
(II)C/CT或C/C的猪,通过定点突变将其中的C/CT或C/C突变为CT/CT基因型;
(III)T/C或T/T的猪,通过定点突变将其中的T/C或T/T突变为C/C基因型;
(IV)C/T或C/C的猪,通过定点突变将其中的C/T或C/C突变为T/T基因型;
(V)G/A或G/G的猪,通过定点突变将其中的G/A或G/G突变为A/A基因型;
(VI)A/G或A/A的猪,通过定点突变将其中的A/G或A/A突变为G/G基因型;
(VII)G/GGGACC或G/G的猪,通过定点突变将其中的G/GGGACC或G/G突变为基因型GGGACC/GGGACC;
(VIII)A/T或A/A的猪,通过定点突变将其中的A/T或A/A突变为T/T基因型;
(IX)C/T或C/C的猪,通过定点突变将其中的C/T或C/C突变为T/T基因型;
(X)T/C或T/T的猪,通过定点突变将其中的T/C或T/T突变为C/C基因型;
(XI)AG/A或AG/AG的猪,通过定点突变将其中的AG/A或AG/AG突变为A/A基因型;
(XII)T/C或T/T的猪,通过定点突变将其中的T/C或T/T突变为C/C基因型;
(XIII)A/G或A/A的猪,通过定点突变将其中的A/G或A/A突变为G/G基因型;
(XIV)C/A或C/C的猪,通过定点突变将其中的C/A或C/C突变为A/A基因型。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,利用转基因的方法或基因编辑的方法进行突变;更优选利用CRISPR/Cas9的基因编辑方法进行突变。