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专利号: 202011511032X
申请人: 上海佰君生物科技有限公司
专利类型:发明专利
专利状态:已下证
专利领域: 有机化学〔2〕
更新日期:2024-02-23
缴费截止日期: 暂无
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摘要:

权利要求书:

1.一种人免疫球蛋白G的提纯方法,其特征在于:采用疏水性环状肽配基进行纯化,所述疏水性环状肽配基通过计算机模拟仿生设计方法得到,所述仿生设计方法包括如下步骤:(1)构建模拟体系:选取PBD数据库ID为1FC2的蛋白A(SpA)‑人IgG(hIgG)复合物的晶体构象,提取SpA与人IgG‑Fc片段上的CH3结合区域,该结合区域的氨基酸序列为Ser383‑Asn389(SNGQPEN),选取该结合区域的三维坐标作为模拟体系的坐标信息;

(2)获取仿生多肽库:用NAMD软件计算Ser383‑Asn389序列中各残基之间的距离,以Cys为连接残基,在Cys周围插入5至7个氨基酸残基X,组成环状多肽链‑[XXX‑C‑XXXX]‑、‑[XX‑C‑XXXX]‑、‑[XX‑C‑XXXXX]‑、‑[XXX‑C‑XXX]‑、‑[XX‑C‑XXX]‑,采用AutoDock分子对接程序进行氨基酸定位,筛选确定氨基酸残基X的种类,X代表除Cys以外的19中常见氨基酸残基,调用GROMOS程序获取包含环状6肽、环状7肽和环状8肽序列的仿生多肽库;

(3)多肽库的初筛:利用LeDock分子对接软件将多肽库中的多肽序列与人IgG‑Fc片段进行半柔性分子对接;

(4)多肽库的复筛:利用FlexX软件将步骤(3)初筛得到的多肽序列与Fc片段再次进行半柔性分子对接;

(5)分子动力学模拟筛选:利用Amber软件包对步骤(4)得到的多肽系列进行分子动力学模拟,排除不能与Fc片段稳定结合的多肽序列;

(6)将步骤(5)得到的多肽序列装柱,进行亲和色谱纯化人IgG研究,计算纯化人IgG的纯度和回收率,确定能够与人IgG进行稳定疏水性结合的有效亲和肽配基;

步骤(3)中根据对接打分分数,挑选结合自由能低于‑6.0kcal/mol的多肽分子进行下一轮的筛选;

步骤(4)中依据打分分数选取结合自由能低于‑7.0kcal/mol的多肽分子进行下一轮的筛选;

步骤(6)中确定的有效亲和肽配基序列为‑[HWG‑C‑AKTE]‑、‑[YF‑C‑WRHE]‑、‑[WV‑C‑LHHYF]‑、‑[PYF‑C‑TIE]‑、‑[FY‑C‑DEHL]‑。