1.一种猪的SNP标记,所述SNP标记包括如下SNP标记中的至少一种:(I)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.1所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15626425位点,为T或C;
(II)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.2所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15318066位点,为T或G;
(III)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.3所示,所述的SNP标记位于SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15362358位点,为G或C;
(IV)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.4所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.4上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15486492位点,为G或A;
(V)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.5所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.5上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15546300位点,为A或G;
(VI)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.6所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.6上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15396970位点,为G或A;
(VII)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.7所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.7上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15650146位点,为A或C;
(VIII)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.8所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.8上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15650489位点,为T或C;
(IX)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.9所示,所述SNP标记位于SEQ ID No.9上的从5’端起的第301位点,对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15653560位点,为T或C。
2.根据权利要求1所述的SNP标记,其特征在于,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种。
3.根据权利要求2所述的SNP标记,其特征在于,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪,杜洛克猪和大白猪的杂交猪,以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。
4.如权利要求1所述的SNP标记在确定猪的胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长的至少一种中的应用;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪,杜洛克猪和大白猪的杂交猪,以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。
5.一种猪的遗传改良的方法,所述方法包括:确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1所述的SNP标记,并根据所述SNP标记做出相应的选择:对于(I),在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点为T/T和T/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点为T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/C和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;
对于(II),在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点为G/G和T/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/G和T/T基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;
对于(III),在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为G/G和G/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/C和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;
对于(IV),在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.4上的从5’端起的第301位点为G/G和G/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述SEQ ID No.4上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/A和A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;
对于(V),所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.5上的从5’端起的第301位点为A/A和A/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述SEQ ID No.5上的从5’端起的第301位点为A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/G和G/G基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;
对于(VI),所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.6上的从5’端起的第301位点为G/G和G/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;优选在所述SEQ ID No.6上的从5’端起的第98167490位点为G/G基因型的种猪个体,淘汰在该位点为G/A和A/A基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因G的频率;
对于(VII),所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.7上的从5’端起的第301位点为A/A和A/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;优选在所述SEQ ID No.7上的从5’端起的第301位点为A/A基因型的种猪个体,淘汰在该位点为A/C和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因A的频率;
对于(VIII),所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.8上的从5’端起的第301位点为T/T和T/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述SEQ ID No.8上的从5’端起的第301位点为T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/C和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;
对于(IX),所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.9上的从5’端起的第301位点为T/T和T/C基因型的种猪个体,淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;优选在所述SEQ ID No.9上的从5’端起的第301位点为T/T基因型的种猪个体,淘汰在该位点为T/C和C/C基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因T的频率;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪,杜洛克猪和大白猪的杂交猪,以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如权利要求1所述的SNP标记,其中所述核酸的序列选自如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示中的至少一种。
7.一种确定猪的生长性状优劣的方法,所述方法包括:确定所述猪的如权利要求1所述的SNP标记,并根据所述SNP标记确定所述猪的生长性状:对于(I),所述猪的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:T/T基因型、T/C基因型和C/C基因型;
对于(II),所述猪的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:G/G基因型、T/G基因型和T/T基因型;
对于(III),所述猪的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:G/G基因型、G/C基因型和C/C基因型;
对于(IV),所述的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.4上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:G/G基因型、G/A基因型和A/A基因型;
对于(V),所述猪的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.5上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:A/A基因型、A/G基因型和G/G基因型;
对于(VI),所述的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.6上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:G/G基因型、G/A基因型和A/A基因型;
对于(VII),所述猪的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.7上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:A/A基因型、A/C基因型和C/C基因型;
对于(VIII),所述猪的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.8上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:T/T基因型、T/C基因型和C/C基因型;
对于(IX),所述猪的生长性状从优到劣,以所述SEQ ID No.9上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为:T/T基因型、T/C基因型和C/C基因型;
其中,所述生长性状包括猪的胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长中的至少一种,且长的猪胴体直体长优于短的猪胴体直体长,长的猪胴体斜长优于短的猪胴体斜长,重的猪胴体重优于轻的猪胴体重,薄的猪背膘厚优于厚的猪背膘厚,长的猪胸椎总长优于短的胸椎总长,长的猪颈椎总长优于短的颈椎总长;
优选利用分析所述猪的核酸序列来确定所述猪的如权利要求1所述的SNP标记,其中所述核酸的序列选自如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示中的至少一种;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪,杜洛克猪和大白猪的杂交猪,以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。
8.一种改善猪的生长性状的猪新品系和/或猪新品种建立的方法,其包括如下步骤:对于如权利要求1所述SNP标记的基因型为(I)T/C或C/C的猪,通过定点突变将其中的T/C和C/C突变为T/T基因型;
(II)T/G或T/T的猪,通过定点突变将其中的T/G和T/T突变为G/G基因型;
(III)G/C或C/C的猪,通过定点突变将其中的G/C和C/C突变为G/G基因型;
(IV)G/A或A/A的猪,通过定点突变将其中的G/A和A/A突变为G/G基因型;
(V)A/G或G/G的猪,通过定点突变将其中的A/G和G/G突变为A/A基因型;
(VI)G/A或A/A的猪,通过定点突变将其中的G/A和A/A突变为G/G基因型;
(VII)A/C或C/C的猪,通过定点突变将其中的A/C和C/C突变为A/A基因型;
(VIII)T/C或C/C的猪,通过定点突变将其中的T/C和C/C突变为T/T基因型;
(IX)T/C或C/C的猪,通过定点突变将其中的T/C和C/C突变为T/T基因型;
其中,所述生长性状包括猪的胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长的至少一种,且长的猪胴体直体长优于短的猪胴体直体长,长的猪胴体斜长优于短的猪胴体斜长,重的猪胴体重优于轻的猪胴体重,薄的猪背膘厚优于厚的猪背膘厚,长的猪胸椎总长优于短的胸椎总长,长的猪颈椎总长优于短的颈椎总长;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种;
优选地,所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪,杜洛克猪和大白猪的杂交猪,以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,利用转基因的方法或基因编辑的方法进行突变。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,利用CRISPR/Cas9的基因编辑方法进行突变。