1.一种乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,包括如下步骤:
步骤一,构建种间杂交群体:挑选雌性圆尾拟鲿和雄性乌苏里拟鲿亲本通过人工催产与授精,构建杂交群体;
步骤二,雄性杂交个体鉴定:取20尾饲养至3月龄的杂交个体,解剖取出性腺,利用体视显微镜观察性腺进行生理性别鉴定,并将每尾个体通过乌苏里拟鲿雄性特异分子标记进行遗传性别鉴定,将两种方法均鉴定为雄性的个体作为待检测样本;
步骤三,雄性杂交个体三代基因组测序与组装:从待检测样本提取基因组DNA后构建HiFi测序文库,利用肌肉组织构建Hi‑C交联文库,进行三代基因组测序与染色体水平基因组组装;
步骤四,与雌性基因组染色体比对获得Y染色体序列:将组装获得的雄性乌苏里拟鲿的染色体序列与现有雌性乌苏里拟鲿染色体序列进行比对,获得与X染色体同源的染色体,即Y染色体序列。
2.如权利要求1所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,在步骤一中,所述雌性圆尾拟鲿的挑选标准为:腹部膨大、松软且富有弹性、仰腹可见卵巢轮廓、无伤病、体重在80克以上;
所述雄性乌苏里拟鲿的挑选标准为:生殖突尖而长且末端泛红、体质强壮、无伤病、体重在200克以上。
3.如权利要求1所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,在步骤一中,所述人工催产采用人工注射催产剂的方式进行。
4. 如权利要求3所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,所述催产剂采用10~15微克/千克的促黄体生成素释放激素类似物A(2 LRH‑A2)、1000~2000 IU/千克的人绒毛膜促性腺激素(HCG)与3 6毫克/千克的地欧酮(DOM)三种药物配制得到。
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5.如权利要求4所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,雌性圆尾拟鲿共注射两针所述催产剂,第一针只注射LRH‑A2,注射量为总注射剂量的20%~30%,间隔11
14小时后第二针注射余量;
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雄性乌苏里拟鲿注射一针所述催产剂,注射剂量为雌性圆尾拟鲿的60%。
6.如权利要求1所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,在步骤二中,所述通过性腺观察鉴定生理性别的标准为:性腺呈肉色或半透明白色,为两条短细线状结构,在体视显微镜下不可见颗粒状细胞,为雄性;性腺呈淡黄色,为两条长带状结构,在体视显微镜下可见颗粒状细胞,为雌性。
7.如权利要求1所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,在步骤二中,所述利用乌苏里拟鲿雄性特异标记鉴定遗传性别的标准为:在雄性特异位点能扩增出条带的为雄性;在雄性特异位点不能扩增出条带的为雌性。
8.如权利要求1所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,在步骤三中,所述HiFi测序文库构建所用DNA为利用大片段DNA提取试剂盒抽提的高质量大片段DNA。
9.如权利要求1所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,在步骤三中,所述Hi‑C交联文库构建所用肌肉组织样本为不少于1克的新鲜样本,且在建库前均用液氮保存。
10.如权利要求1至9中任一项所述的乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法,其特征在于,在步骤四中,所用雌性乌苏里拟鲿染色体序列采用Nanopore三代测序技术获得。